Bardóc-Miklósvár-, Csík-, Gyergyó-, Kézdi- és Udvarhelyszék széki elnökei a sajtóhoz eljuttatott nyílt levelükben aggodalmuknak adtak hangot amiatt, hogy az SZNT letért az eredeti útjáról, diktatórikussá, „kézi vezérlésűvé” vált. Véleményük szerint az SZNT vezetésében megmutatkozó rendellenességek az önkormányzásért folytatott küzdelem eredményességét sodorták veszélybe. A dokumentumot a nyolc széki vezető közül öt írta alá. A levél szerzői felróják, hogy Izsák Balázs kizárta az Állandó Bizottságból (ÁB) az egyik tagot, és nem bocsátja az ÁB elé a szervezet pénzügyeit. Az elégedetlen széki vezetők arra kérik az SZNT elnökét, hogy 15 napon belül hívja össze az ÁB rendkívüli ülését az öt székely szék panaszainak megtárgyalására.

Izsák Balázs a Krónika napilap megkeresésére reagált a nyílt levélre. Elmondta: több mint egy hete összehívta az Állandó Bizottság ülését február 23-ra Sepsiszentgyörgyre, ahol meg lehet majd vitatni mindazokat a kérdéseket, amelyek az SZNT-n belül feszültségeket okoznak. Az SZNT elnöke szerint akkor lehetne diktatórikus vezetéséről beszélni, ha nem vette volna figyelembe a széki elnökök javaslatait. Megjegyezte ugyanakkor, hogy a nemzeti tanács belső fórumain a széki vezetők nem éltek a javaslattevés lehetőségével.

Az SZNT 2017 októberében tartott tisztújító küldöttgyűlésén Izsák Balázs szoros versenyben szerzett újabb négyéves elnöki mandátumot. Az akkori szavazáson Izsák Balázst 109, az Udvarhelyszéki Székely Tanács elnökét, Farkas Csabát pedig 93 küldött támogatta. A Székely Nemzeti Tanács struktúrájában megőrizte a székelyek történelmi területi egységeit: a településeket és a székeket. A széki székely tanácsok a települési székely tanácsokból, az SZNT pedig a széki székely tanácsokból áll össze.