Miután sikerült a Székelyföldön a biztonságot helyreállítani, János Zsigmond nem késlekedett az országgyűlést összehívni 1562. június 26-ra Segesvárra. Már a hely megjelölése sem volt véletlen; a felkelés központjához, Udvarhelyhez közeli Segesvárról értésére kellett adni a székelységnek, hogy a hatalom bármikor képes fellépni, ha szükségét látja, minden ellenállás letörésére, ahogy a távolabbi Háromszéken hamarosan felállított Székely bánja-várnak is ugyanaz volt a jelképes szerepe.
Segesvárra meghívták fejenként az összes székely elsőt és lófőt, a köznép pedig minden székből 16 kiválasztott fővel képviseltette magát. A fejedelem, miután kegyetlenül leverte a közrend felkelését, azt is szerette volna Erdély s Magyarország, valamint a rivális Habsburg császár értésére adni az országgyűlés által, hogy jogi úton igazságosan kívánja lezárni a nagy megrázkódtatást okozó felkelés ügyét. És ebben a szándékában még a látványos jelenetektől sem óvakodott.
Alighogy megnyílt az országgyűlés, megjelent Csáki Mihály kancellár, s egy előre elkészített jegyzékből felolvasott néhány nevet, először azon primorokét, akiket a köznép beadványai a fő elnyomóiknak tüntettek fel, és akiket a mozgalom közvetett okozóinak lehetett kikiáltani, másodszor pedig azokét, akiket azzal vádolt a hatalom, hogy közvetlenül részt vettek a ,,lázadásban", s ezzel a király elleni hűtlenség bűnébe estek. Az első kategóriába Lázár Istvánt és Jánost, Kornis Mihályt, Farkas Pált, Bernád Ferencet, a másodikba Geréb Miklóst, Káthay Ferencet, Káthay Györgyöt és Andrássy Mártont sorolta a kancellár. Az említetteket azonnal letartóztatták s fogságra vetették. Ezután elkezdődött az új törvények előterjesztése s elfogadása. Az első s legfontosabb törvénnyel a királyi jogot kiterjesztették a Székelyföldre. Mivel ez a törvény a következő évszázadok társadalmi változásainak legfőbb jogforrása lesz, fontosnak tartjuk az alábbiakban közölni.
,,Minthogy a székelység régi szabadságokban bízván, hogy ők jószágokat, örökségeket, el nem veszthetnék, a király méltósága ellen s országunknak békességes állapattya ellen sokszor feltámadának, és oly dolgokat mertenek késérteni, kikből országunkra nagy romlás következett: Azért, hogy minden efféle gonoszságnak és támadásnak okai közzülünk kivettessenek, végeztük, hogy ezután, valamikor ők oly dologban vétkeznének, kiből örök hitetlenség szokott következni, ők is azonképpen, mint a nemesség és országbeli több híveink, örök hitetlenséggel büntettessenek, és mind fejenként jószágokat és örökségüket elveszessék, miképpen ez dologról más Articulusink között országunkbeli híveinknek közönséges végezéséről Articulus vagyon."
Látjuk, a törvény, a jus regium bevezetésének szükségességét a székelyek gyakori felkelésével indokolja.
Aligha vitatható: az is egyik célja volt a királyi jog kiterjesztésének, hogy a felkeléseknek elejét vegyék, de még fontosabbnak tartották a székely önigazgatás felszámolását, a vármegyei rendiség s feudális rendszer elterjesztését a Székelyföldön. Ezt a törvény szövege és szelleme egyaránt kifejezte: ,,Az fő népek az ő főségekben és az lófejek az ő lófőségekben minden székben szabadon éljenek, úgy mint az nemesség az ő nemességekben, és az földönlakókat, kiket jó igazsággal bírnak, úgy mint az nemesség az ő jobbágyokat, ők is jobbágyul bírják, kik az rovásnak idején az több községgel együtt megróttassanak."
Világos a szándék: a primor és a lófő rend legyen ezentúl két olyan nemesi rend, amelyet ugyanolyan jogok és kötelességek illetnek, mint a vármegyei nemeseket. Még a székely rendek nevét is a vármegyék rendiségéhez próbálták igazítani; az előbbiek mellett erről győz meg az is, hogy a törvény előírta: az eddig ,,földönlakókat ezentúl jobbágyul bírják".
Azonban János Zsigmond a székely nemességet sem akarta egyszerre nagyon megerősíteni, hiszen az ő visszatérését Erdélybe nem támogatta egyöntetűen a székely vezetőréteg többsége, ezért a köznép feletti hatalmat nem engedte át az uraknak, hanem megtartotta magának, legalábbis addig, amíg a székely nemesség hűségéről nem győződött meg. ,,A székely község mi szabad birodalmunk alatt légyen" — mondotta ki a segesvári országgyűlés, vagyis a volt gyalogrendű székelységet egészében fejedelmi jobbággyá nyilvánították 1562-ben. A fejedelem a székely köznépnek lett a földesura, vagyonára pedig a fiskus tette rá a kezét.
A jobbágyságra vetett székely közrendet az udvarhelyi Székely támadt-vár és a várhegyi Székely bánja-vár építésére a csíki vashámorhoz, sóaknákhoz ingyenmunkára kényszerítették. Emellett az ispánok s más tisztségviselők számára mezőgazdasági munkát kellett végezniük, és minden terményből, állatból dézsmát szedtek a fejedelemnek.
A segesvári országgyűlés megváltoztatta az eddigi székelyföldi bíráskodási rendszert is, a székek szerepét csökkentették, a fellebbezést nem a széki bíróságokhoz, hanem egyenesen az uralkodó elé kellett terjeszteni. Az országgyűlés megerősítette a fejedelem tisztviselőinek rendelkezési jogát. A segesvári országgyűlés néhány olyan rendelkezést is elfogadott, amelyek a köznép védelmét szolgálták a nemesek, illetve a fejedelmi tisztviselők ellen, de ezeket, legalábbis a felkelés utáni első években, ritkán tartották be.
Az előbb mondottakat összegezve: a bevezetett változások az eddig teljes területi s belső önigazgatással rendelkező Székelyföldet megfosztották alapvető autonóm jogaitól, a Székelyföldet s népét a fejedelem hatalma alá helyezték. Az öröklött székely demokratikus rendszert uralmi rendszerrel váltották fel: a választott tisztségviselők helyett a közügyek intézése egyre inkább kinevezett tiszttartók kezébe került, akiket semmi sem gátolhatott abban, hogy önkényesen járjanak el. A társadalom szerkezete és jellege is átalakult. Az eddigi három szabad rendből a primorok és gazdagabb lófők nemesi rendekké váltak, a gyalogrend eltűnt, jobbágyi állapotba került. A székely örökség mint birtok-tulajdonforma, elveszítette immunitását, a fejedelem elkobozhatta, elajándékozhatta, ha valakire a hűtlenség bélyegét rásütötték, sőt, 1562-ben az egész közrendet, mai szóhasználattal élve, ,,kollektív bűnösség"-gel vádolták, és úgy is bántak velük.
Mindez együtt rendszerváltozással felérő átalakulást eredményezett, a korábbi archaikus székely rendet feudális jellegű rendszerrel cserélték fel. Ennek indoklásaként a hatalom az 1562-es felkelést ürügyként használta, pedig voltaképpen a felkelés előtt elkezdett változásokat folytatta.
Úgy véljük, nem követünk el módszertani hibát, amikor az 1562. évi székely felkelést mind lefolyásában, mind következményeiben az 1514-es Dózsa-féle parasztlázadáshoz hasonlítjuk.
Amint közismert, az 1514-es felkelés után örökös jobbágyságot vezettek be Magyarországon; a nemes és a paraszt a magyar társadalomban mérhetetlen távolságra került egymástól. Ez olyan károsodást okozott a magyar közgondolkodásban, amelyet soha nem tudott kiküszöbölni — miként azt Bibó István nyomatékosan kifejtette — még a legjobb, legnemesebb akarat sem. Ami a székely társadalomban történt 1562 után, bizony nagyon is hasonlítható a magyarországi eseményekhez. A támadás leverése után összeülő erdélyi nemesi országgyűlés megszavazta a székely közrend jobbágysorba vetését. Az első években ún. fejedelmi hatalom alá került a nép, amelynek féken tartására — mint már említettük — felépítették Udvarhelyen a Székely támadt- s Várhegyen a Székely bánja-várat. E két vár cinikus elnevezése jól mutatta a köznép megfélemlítésének szándékát, sőt, megalázását is.
Aztán 1566-tól a fejedelem tömegesen kezdte elajándékozni híveinek a hatalma alatti jobbágyokat. Ezáltal létrehozta a Székelyföldön a korábbi, tipikusan székely képződményekből: a primori és a lófői rendből az adományos nemesi rendet. Igaz, hogy az elajándékozott jobbágyok nem kis része később kivívta személyi szabadságát, de földjük nagyobb fele az adományos nemes tulajdonában maradt. Ezáltal a nemesi rend megerősödött, s a szabad székelység szegény rétege felduzzadt. (…)
A gyors változások, különösképpen a régi székely szabadságok elvesztése, az 1562-es felkelés kegyetlen elfojtása által a székelység öntudata, nemesi szabadságának tudata megtört, magatartászavar és erkölcsi válság lépett fel a székely társadalomban. A köznépben erős úrellenes hangulat keletkezett, a felsőbbeket okolván mindenért. A következmények a lehető legsúlyosabbak voltak: a székelység ezután nem mindig a saját elöljáróira, hanem azokra hallgatott, akik szabadságának visszaállítását ígérték, de ezáltal többször sodródott a vesztes oldalra, vagy, ami még súlyosabb, nemegyszer állt, legalább részben, az ellenség mellé. Azonban — és ezt sem szabad mellőznünk — még ilyen körülmények között is az Erdélyi fejedelemség haderejének jelentős (olykor legjelentősebb) részét a székely had alkotta, s emellett a határvédelemben is teljesítette a rá háruló feladatokat.
Bár a majdnem állandósult belső csatározásokban egyik vagy másik fejedelem oldalán, valamint a külső hadakozásokban folyamatosan nagy vérveszteség érte a székelységet, mindig képes volt szülőföldjén megújulni, számát szaporítani. Ennek belső forrását életmódjának sajátosságaiban kereshetjük. Erre egy későbbi fejezetben fogunk kitérni.