A mezőgazdasági kifizetési ügynökség (APIA) a támogatási kérésekben szereplő területeken szabályozza az istálló-, illetve műtrágyával való tápanyag-utánpótlást. A támogatást igénylőnek be kell tartania az SMR 2 környezetvédelmi előírást a talaj- és a felszíni vizek nitrátokkal, nitritekkel való szennyezésének elkerülésére, amit az uniós tanács 91/676/CEE rendelkezése is szabályoz, és a tagországok kötelesek betartani.
Nálunk a környezetvédelmi minisztérium az uniós szabályozás alapján 2005-ben kidolgozta a Megfelelő mezőgazdasági eljárások szabályrendszerét (Cod de bune practici agricole), ez egy eligazító füzet, amely tartalmazza az ajánlott mezőgazdasági eljárásokat a talaj- és folyóvizek nitrátszennyeződésének megakadályázására. Az APIA a környezetvédelmi szabályrendszer alapján alkotta meg az SMR 2 betartási feltételeit.
A kifizetési ügynökség szabályai szerint az istállótrágyát közvetlenül a mezőgazdasági területen is lehet időszakosan tárolni, de bizonyos feltételek betartásával. Az ügynökség javaslata szerint ezt a megoldást lehetőleg a gazdáknak el kellene kerülniük, ugyanis nagy a nitrátok talajvízbe történő bemosódásának a veszélye és nagyfokú a trágya nitrogéntartalmának csökkenése, mivel elillan a levegőbe.
A mezőgazdasági területen való tárolás első feltétele, hogy ne legyen a közelben folyóvíz. Csak azon vegyes gazdaságok esetében megengedett, melyekben legtöbb nyolc számosállatot tartanak. A fejőstehén 1 számosállatot jelent, az 1 év alatti borjú 0,4, az egy és két év közötti növendék 0,7, a két év feletti vemhes üsző 0,8, a két év feletti bika 1, a húshasznú tehén 0,8 számosállatnak felel meg. Juhok és kecskék esetében egy egyed 0,15 számosállatot jelent, a sertéseknél a koca 0,5, a hízó pedig 0,3-at, a hat hónapon felüli ló pedig 1 számosállatnak felel meg.
A nyolc számosállatnál nagyobb gazdaságokban kötelező a megfelelő kapacitású és vízhatlan trágyatároló megléte, amely a legjobb megoldás a trágya tárolására és kezelésére. Ugyanakkor engedélyezett a trágya elhordása és tárolása a községi, környezetvédelmileg engedélyezett trágyatárolókhoz, ezekből csak néhány van a megyében, például Uzonban, Csernátonban és Szitabodzán.
Második szabálya a mezőgazdasági területen való trágyatárolásnak, hogy az istállótrágyát csak azon a területen szabad lerakni, amelyikre el is fogják szórni. A harmadik szabály, hogy a kupacokban való ideiglenes tárolás időtartama nem haladhatja meg a 180 napot. Negyedik szabály, hogy a tárolásnak minden évben más parcellán kell történnie. Ötödik szabály, hogy a ganékupac alá vízhatlan műanyag fóliát kell helyezni és rá szalmát szórni.
Az APIA-s rendelkezésekben szerepelnek azok az időszakok is, amikor tiltott az istálló-, illetve a műtrágya kiszórása a mezőgazdasági területekre. A tiltási időszak függ a mezőgazdasági terület elhelyezkedésétől: sík vidéken november 15-től jövő év március 15-ig tart, nálunk a dombvidéken október 10. és március 20. között, a hegyvidéken pedig november 5. és március 25. között tilos a trágyakiszórás. Ezek a tiltási időszakok érvényesek a műtrágya kiszórására is.
A kiszórható istállótrágyában található nitrogénmennyiséget is pontosan meghatározták: a nitrogénmennyiség nem haladhatja meg hektáronként és évenként a 170 kilogrammot. A friss trágya nitrogéntartalma 0,5 százalék, így ebből hektáronként 34 tonnát lehet kiszórni, viszont nem ajánlott előzetes érés nélkül kiszórni, mivel a friss trágya első szakaszban nitrogént von ki a talajból és elsavasítja azt. A lótrágya 0,58 százalék nitrogént tartalmaz, így hektáronként 29 tonnát szabad kiszórni, a szarvasmarhatrágya 0,45 százalékot (a kiszórható mennyiség 38 tonna), a juhtrágya 0,83 százalékot (a kiszórható mennyiség 21 tonna), a disznótrágya pedig 0,45 százalékot (a kiszórható mennyiség 38 tonna).
Műtrágya használatakor az APIA szabályozása szerint a kukoricára és a cukorrépára évente 150 kilogramm nitrogénmennyiséget szabad kiszórni, a búzára és repcére 120, az egyéb kultúrákra pedig 100 kilogramm nitrogént. Az állandó gyepekre (kaszálókra és legelőkre) legtöbb 80 kiló aktív nitrogén szórható ki.
Az APIA-s támogatásokat igénylő gazda egy egyszerű trágyázási tervet is kell hogy készítsen táblázat formájában, amelybe bevezet minden parcellát, azok kataszteri számát, területnagyságát és az illető parcellákban termelt kultúrákat, majd a tervezet megvalósításához beírja, hogy milyen tápanyag-utánpótlót használt (istállótrágyát, illetve műtrágyát), a parcellára kijuttatott mennyiséget és a kiszámított nitrogénmennyiséget.
