A politikai és társadalmi változások mellett a 16. században a Székelyföld vallási képe is átalakult. Az európai vallási mozgalmak, majd a magyarországi s erdélyi reformáció és ellenreformáció mind behatolt a székely székekbe. Ezeknek a hosszú ideig tartó vallási mozgalmaknak csak a kezdeteit érintjük rövid székely históriánkban.
Közismert, hogy a reformációt Luther Márton (1483—1546) 1517. október 31-én a wittenbergi templom kapujára kiszegezett tételei indították el. Az új tanok először Európa legfejlettebb országaiban terjedtek el: a német államokban, Hollandiában és Svájcban, aztán Skandináviában. De a vallási újítások nem álltak meg Luther tanainál, az evangélikus hitnél, hanem további változások következtek be, főként Kálvin János (1509—1564) reformátor fellépésével, aki a reformáció svájci változatát terjesztette. Ez az irányzat követőkre talált Franciaországban, Svájcban, Hollandiában, Magyarországon és Erdélyben is. Aztán kialakult a reformációnak egy radikális irányzata: az unitárius vallás, amely ugyan külföldi gyökerekből is táplálkozott, de egyházként Erdélyben alakult meg.
A hitújítás egész Európán végigvonuló hullámai már az 1520-as években, tehát a mohácsi csata előtt elérik Magyarországot; először is a városok német ajkú polgársága mutat fogékonyságot iránta. És behatol a magyar királyi udvarba is, ahol II. Lajos felesége, Habsburg Mária udvarában olyan humanista kör jött létre, amely rokonszenvezett Luther nézeteivel. Ebbe a körbe tartozik az erdélyi politika s vallási küzdelem két kiváló alakja: Georg Reichenstorffer és Markus Pemflinger is.
Erdélyben nagymértékben Johannes Honterus brassói szász pap terjesztette Luther eszméit, s 1542—43-ban kidolgozta a szász evangélikus egyház alapelveit. 1544-ben Honterus lett Brassó város plébánosa, 1553-ban pedig a szász papság saját püspököt (szuperintendenst) választott. Ezzel a szász evangélikus egyház külön szervezete valósult meg.
A szász hitújítást alig néhány éves késéssel követte Luther tanainak a magyarok által való befogadása Kolozsvárott, ahol 1544-ben Heltai Gáspár plébános az új hit követőjévé vált. 1550-től már nyomda is segíti a működését. 1554-ben megalakult az erdélyi magyar evangélikusok különegyháza.
A Székelyföldre a reformáció első hulláma Brassóból érkezett, ahonnan Honterus prédikátorokat küldött ki, főként Háromszékre, akik magukkal hozták és terjesztették a szebeni és brassói nyomdákból kikerülő, újító szellemű vallásos irodalmat, amelyet elsősorban papok és írástudó nemesek olvastak. S az új hit a nép között is gyorsan kezdett terjedni. Érdekes, hogy Honterusnak — aki a legtöbb protestáns irat kiadója és szerzője volt — a nevét az egyszerű emberek Honter Jánosra magyarosították, és így emlegették; ez személyének és tanainak rendkívüli népszerűségét mutatja.
A szászföldi példa alapján elmondható, hogy az új hit kezdetben szűkebb körökben, csak egyes családokban terjedt el, majd egyre több falu és város közössége is befogadta a reformált tanokat. Feltételezhető — bár még nem eléggé bizonyított —, hogy például a Háromszékre kiszálló prédikátorok között brassói magyarok is voltak, hiszen abban az időben jelentős számú magyar élt Brassóban, akik a szászokkal együtt s egy időben fogadták el a reformációt. Sőt, Brassóban háromszéki származású magyar papok is működtek, akik Honterusnak segíthettek a vallási reform terén.
A reformáció terjedését Háromszéken elősegítették egyes főurak is. Így Daczó Pál birtokos, akit 1552-ben az erdélyi országgyűlés azzal bízott meg, hogy Marosvásárhelyt járjon közbe a templomkérdés rendezése ügyében. Tudjuk, hogy ő már ezt megelőzően Háromszéken a reformáció pártolói közé tartozott. Oklevél bizonyítja, hogy 1547-ben ,,maga költségén Isten dicsőségére" újjáépítette Sepsiszentgyörgy középkori templomát — írja Orbán Balázs —, s Juhász István szerint a vártemplom ,,már akkor is a reformáló egyház istentiszteleti helye volt".
A történeti források kevés adatot szolgáltatnak, de így is bizonyítják, hogy a reformáció lutheri irányzata gyorsan elterjedt a székelyek között. Az 1550-es évek elején például Erdővidék egyházközségei mind elhagyták a római katolikus hitet, s valószínűleg ugyanaz történt Háromszék többi részén is. Kétségtelen azonban, hogy nem mindenhol váltak meg könnyűszerrel a megszokott templomi képektől, a régi kegyszerektől. Baróton például éppen emiatt állt vissza a hívek egy része (vagy talán az egész gyülekezet) a régi vallásra. Magyarhermány református egyházközsége pedig többszöri felszólítás után is csak nagy késedelemmel adott túl a régi katolikus liturgián és annak ceremoniális eszközein.
Erdővidék történetében követhető a legjobban a reformáció és a katolikus egyház küzdelme. Itt végül is a tizenkilenc település közül csak Baróton maradt egészében fenn a katolicizmus, a többség a református, illetve az unitárius hitet követte. Az unitárius vallás központja Vargyason alakult ki. Más vidékeken, például a kézdi esperesség felső (északi) részén a befolyásos Apor család ellenállása hiúsította meg a reformáció behatolását több ottani falu közösségébe.
Mégis, amint említettük, a hívők nagy többsége már elfogadta az új hitet, habár még hosszú ideig nagy zavar uralkodott akörül, hogy a protestantizmus melyik irányzata kerekedik felül az egyházközségekben. Az 1550-es évekre vonatkoztatható Benkő Józsefnek az a megállapítása, hogy eleinte nem volt nagy különbség Luther, illetve Kálvin követői között Erdélyben és természetesen a Székelyföldön, mert ,,akik a római vallástól elszakadtak, azok együtt tartottak, és reformátusoknak neveztettek".
Nem könnyű kérdés, hogy mikortól számíthatjuk mégis a kálvini tanok túlsúlyra jutását, de vannak megbízható támpontjaink. Az 1550-es évek közepén a magyarok közt ugyanis a lutheri reformáció olyan hirtelen lehanyatlott, mint amilyen gyorsan az azelőtti évtizedben elterjedt. Tudjuk, hogy Debrecenben Kálmáncsehi Sánta Márton 1551-ben kezdett evangélikusról helvét református hitvallásra váltva prédikálni, akárcsak Szegedi Kis István, a református teológiai irodalom legtekintélyesebb képviselője, későbbi nagy hírű püspöke. Ekkortájt, talán egy-két éves késéssel indultak meg a hitviták Kolozsvárt is az evangélikusok és a kálvini reformátorok között. Bizonyosra vehető, hogy a székelyföldi protestantizmus alakulására s a kálvini tanok befogadására Kolozsvárról s természetesen Debrecenből érkezett az a döntő fordulatot hozó hatás, amely a kálvini reformátusokat többségivé tette. Mégpedig azért, mert ezt a hitet anyanyelven, magyarul terjesztették. Pontos évszámot a kálvini református egyházak megalakulásáról nem tudunk mondani, viszont nagyjából mégis meghatározható az időszak. Marosszék 1557-ben még a nagyrészt lutheri evangélikus hit mellett állt, de 1559-ben a Marosvásárhelyt tartott első zsinaton Dávid Ferenc és Méliusz Juhász Péter kálvini református szellemben foglalt állást az úrvacsora kérdésében. Udvarhelyszéken nagyon éles küzdelem bontakozott ki a reformáció hívei s a római katolikusok között, de az 1563-as tordai országgyűlés már lehetővé tette, hogy minden egyházközség olyan papot válasszon, amilyent hívei kívánnak, s a különböző vallási hívek felváltva használhatták a falu templomát.
Ez enyhítette a küzdelmeket, de nem szüntette meg. Végül is 1581-től számítható az udvarhelyi református egyházmegye létrejötte.
Közben a reformációnak újabb hulláma érkezett a Székelyföldre. Ugyanis Kolozsvárt a hitét gyakran váltogató Dávid Ferenc az antitrinitárius, más néven unitárius hit megalapozásával lényegében véve új egyházat hozott létre, amely rendkívül gyorsan elterjedt a polgárság körében, s mert János Zsigmond fejedelem támogatását élvezte, szétterjedt Erdély más vidékein is. Ismeretes, hogy János Zsigmond maga is terjesztőjévé vált az új hitnek, s haddal indult Csíkszék megtérítésére, de az ellenállás miatt kénytelen volt visszafordulni. Így maradt meg Csík-, Gyergyó- és Kászonszék megszakítás nélkül a római katolikus hit mellett. A csíksomlyói búcsú ennek az eseménynek a következtében alakult ki.
A Székelyföldön az új vallás elterjedését előmozdította az 1562-es nagy székely felkelés után kialakult helyzet. Már szóltunk róla, hogy a segesvári országgyűlés nyomán a közszékelység nagy része jobbágysorra jutott, ősi szabadságjogaitól megfosztatott. Az elkeseredett, jogait vesztő és féltő székelység hirtelen arra a vallásra kezdett hajlani, amelyet a fejedelmi udvar ugyancsak pártfogásba vett, vagyis az unitarizmus felé. S mert a lutheránus vallás ekkor már kiszorulóban volt, az 1560-as években a kálvini és unitárius tanok keveredtek. Mint Benkő József írta: ,,A sok hadakozó időben való zűrzavarok között annyira ment a dolog, hogy a Székelyföldön közönségesen összeelegyedének vala a reformata és az unitaria eklésiák és azoknak papjaik." Ha valamely papot vagy mestert megszeretett az eklézsia, nem nézte, hogy református vagy unitárius, meghívta, és egyházi szolgálatba állította.
Ezt a vallásszabadságot elősegítette a kialakulóban lévő Erdélyi Fejedelemség toleráns politikája. A két nagyhatalom, a török és a Habsburg-államok közé ékelt, etnikailag és rendileg megosztott fejedelemségnek el kellett kerülnie, hogy az ország vallási-felekezeti harcok színterévé váljon. Az 1568-ban Tordán tartott országgyűlés külön törvényben biztosította a szabad igehirdetést, a vallásszabadságot, s kimondta, hogy senki sem üldözhető a vallásáért. Ezzel Erdély messze megelőzte Európát, ahol egyes országokban véres vallásháborúk dúltak.
Mivel az 1568-as tordai törvényt az 1571-ben Marosvásárhelyt hozott törvény újra megerősítette, s azért, hogy ,,Isten igéje mindenütt szabadon prédikáltassék, a confessioért senki meg ne bántassék", kialakult Erdélyben a négy — római katolikus, evangélikus, református, unitárius — ,,bevett" vallás és egyház intézménye. Ez kiegészült az ortodox egyház tolerálásával, amihez az is hozzájárult, hogy Erdélyben a jobbágy vallását nem kötötték a földesúréhoz, mint számos nyugati országban. A négy bevett vallás rendszere, valamint a három rendi nemzet intézményei képezték az erdélyi politikai élet alapját.
Az erdélyi vallási mozgalmak természetesen nem csitultak el teljesen az előbb említett törvényekkel, hiszen az unitarizmust pártfogoló János Zsigmond után a katolikus Báthoryak, majd a református fejedelmek: Bethlen Gábor, II. Rákóczi György, Apafi Mihály inkább kedveztek a maguk egyházának, s időnként sérelem érte egyik vagy másik egyházat, de mindez nem vezetett belső háborús feszültségekhez.
