Több mint tíz éve termesztenek herbicidrezisztens (gyomirtókkal szemben ellenálló) szóját az ország déli megyéiben, 2006-ban például a génmanipulált szója vetésterülete elérte nálunk a 130 000 hektárt. A 2007-es csatlakozás időpontjától azonban ezzel fel kellett hagyniuk, az Európai Unióban ugyanis akkor egyetlen hibridkukorica-vonal, a kukoricamoly-rezisztenciát hordozó MON 810 rendelkezett termesztési engedéllyel. Azóta további két vonal, a MON 863-as és az NK 603-as kapott hasonló engedélyt.

Az uniós csatlakozás drámai mértékben csökkentette az országban a vetésterületet, a gazdák ugyanis nem érdekeltek a sokkal drágább és kevésbé hatékony hagyományos szója termesztésében. A génmanipulált fajták, hibridek vagy vonalak engedélyezése, illetve kitiltása a termesztésből élénk vita tárgya ma is az unió szintjén, és úgy tűnik, a szakminisztérium is inkább a génmanipulált növények engedélyezése mellett foglal állást. A génmanipulált szója esetében történtek is lépések az engedélyezésre, de az unió szakbizottsága nem válaszolt a beadványra, így a glifoszát alapú (teljes gyomirtószer) szerekkel szembeni ellenállásra génkezelt szója idén sem engedélyezett. A szakminisztérium érvként az unió szakhatósága, az európai élelmiszer-biztonsági hatóság véleményét hozza fel, amely szerint az elvégzett laborvizsgálatok eredményei szerint a génmanipulált kukoricahibridek élelmezésben való alkalmazása nem vezetett semmiféle mérgező tünethez, a vérben, vesében és májban nem mutattak ki semmiféle, egészségre káros anyagot. Ugyanilyen laborvizsgálatokat végzett a Francia Biotechnológiai Tanács is, hasonló következtetésre jutva.

Az unió szintjén is egyre többen termesztik ezeket a növényeket, 2008-ban a MON 810-es kukoricavonalat közel 100 000 hektáron termesztették Spanyolországban, Portugáliában, Csehországban, Szlovákiában, Németországban és Romániában. A terület nálunk is egyre nő, tavaly MON 810-est közel 3250 hektárra vetettek, főleg a déli megyékben. Háromszéken egyelőre nem termelnek génmanipulált kukoricát, a törvényi rendelkezések szerint ugyanis a termesztőknek be kell jelentkezniük a szakigazgatóságnál és a környezetvédelmi hatóságnál.

Az unió nemrég újabb növényfaj, az ipari felhasználásra szánt burgonya esetében hozott engedélyező döntést. A Basf Plant Science kutatói által létrehozott új génmanipulált, Solanum tuberosum L, EH 92-527-1-es nevet viselő burgonyafajtát magas keményítőtartalmának köszönhetően engedélyezték. Igaz, egyelőre az unió csak a zárt rendszeres termelést engedélyezte Németországban, Csehországban és Svédországban.