A Budapesti Műszaki Egyetemen 1959-ben építészmérnöki, majd 1962-ben az Iparművészeti Főiskolán építőművészi diplomát szerzett, 1959-től állami tervezővállalatoknál dolgozott. Néhány kollégájával az elsorvadásra ítélt falvakban kulturális egyesületeket szervezett, a sorozatos betartások, adminisztratív gátak ellenére fiatal építészek lelkes csoportjával sikerült olcsó helyi anyagokból szinte pénz nélkül újjáépíteniük számos közösségi épületet.
Sárospatakon emberléptékű, a panelnél jóval olcsóbb lakóházakat is kezdtek építeni, az általa tervezett művelődési házat az év tíz legérdekesebb alkotása közé rangsorolta az építészek nemzetközi szövetsége. Állását mégis el kellett hagynia, a tervezési díjat sem kapta meg, ezután önkéntes száműzetésbe vonult. 1977 és 1981 között a Pilisi Parkerdő Gazdaság főépítésze volt, majd 1981-ben a Makona Tervező Kisszö­vetkezet vezetője lett, a céget 2010 elején kényszerült bezárni.
Első figyelemre méltó munkája a paksi templom: a karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetű, ívelt kapubejáratú épület országos hírnevet hozott számára. Hasonlóan turistalátványosság és stílusának karakteres hordozója a siófoki evangélikus templom, míg a Farkasréti temető ravatalozójának belső tere egy emberi mellkast modellez. Több mint tíz évig dolgozott a Pázmány Péter Katolikus Egyetem középkori hangulatot keltő piliscsabai épületegyüttesén, jellegzetes stí­lusjegyeit hordozza újabb munkái közül a makói Hagymaház és az egri uszoda.
Legismertebb műve az 1992-es sevillai világkiállításra tervezett magyar pavilon. A templomhoz is hasonlítható héttornyos épület bárkaszerűen bordázott fa tetőzetrendszere különleges látványt nyújtott, akárcsak a földszint üvegpadlója alá nyúló, így gyökérzetét is megmutató csupasz tölgyfa. A csónakforma az Újvilágot 500 éve felfedező Kolumbusz emlékét, a tornyokba zárt harangok a nándorfehérvári diadalt idézték meg. E művéért megkapta a Magyar Köztár­sasági Érdemrend Középkeresztje a Csillaggal kitüntetést.
Makovecz Imre száznál több különböző funkciójú, jellegzetes épületet alkotott. A fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használta, művei környezetükbe illenek, emberbarát, természetes anyagok felhasználásával készültek. Szerinte az épületnek úgy kell kinéznie, mintha az alja a földből nőtt volna ki, és a teteje az égből esett volna le rá. Szándéka az volt, hogy egylényegűvé váljon az épület a környezettel, szervesen illeszkedjen a tájba. Emberközpontú, "látó" házainak szemük van (két ablak vagy ajtó), amivel a "belső lényeget" kívánja kifejezni, azt, hogy az épület lény.
1987-től a Nemzetközi Építészeti Akadémia tanára, 1992-ben az akkor megalakult Magyar Művészeti Akadé­mia elnökévé választották, tanított a Budapesti Műszaki Egyetemen és az Iparművészeti Főiskolán.
Munkássága elismeréseként 1969-ben a legrangosabb építőművészeti szak­mai elismeréssel, az Ybl-díjjal, 1990-ben Kossuth-díjjal, 1996-ban Magyar Örök­ség Díj­jal tüntették ki. 2001-ben megkapta a Corvin-láncot, 2003-ban a Prima Primis­sima-díjat. 2008-ban Teleki Pál-érdemérmet kapott, 2009-ben Főépí­tészi Élet­műdíjjal tüntették ki. 2010-ben Zala megye, 2011 júniusában Budapest díszpolgárává választották. 2011. szep­tember 10-én még átvette a Szent István-díjat az esztergomi Vármúzeum Korona-termében.
Makovecz Imre konzervatív közéleti személyiségként is ismert volt.