Az egyetlen szlovákiai magyar egyetem főiskolává minősítését az akkreditációs bizottság jelentése alapján kezdeményezte a Dušan Čaplovič vezette oktatásügyi minisztérium. A leminősítési tervek ellen több szlovákiai magyar civil és politikai szervezet is szót emelt, az intézmény pedig türelmi időt kért a szaktárcától, arra hivatkozva, hogy a feltételek teljesítéséhez nem állt rendelkezésére kellő idő.
Tóth János rektor azzal érvelt, hogy az akkreditációs folyamat az egyetem számára igazságtalan körülmények mellett zajlott le, mivel annak során a 2004 és 2008 közötti egész időszakot vették figyelembe, holott az intézmény csak 2004 őszén kezdte meg első akadémiai évét, természetesen akkor még csak alapképzéssel. Rámutatott: az értékelés tárgyát képező hat egyetemi kritériumból három a doktori képzés minőségéről és működéséről szólt, holott Komá­rom­ban ekkor még csak alapszintű képzés folyt. „Az egyetemen a második és harmadik szintű képzéseket is számon kérték, amelyek objektív okok miatt még nem is működhettek. Az állam nem adta meg intézményünknek a lehetőséget, hogy megerősödjék” – hangsúlyozta a rektor.
A szaktárca ennek ellenére nem mutat hajlandóságot a türelmi idő megadására, így a javaslatot még a nyár folyamán jóváhagyhatja a pozsonyi törvényhozás. Dušan Čaplovič arra hivatkozik, hogy neki törvényi kötelessége az akkreditációs bizottság ajánlását előterjeszteni. Tóth János szerint viszont ez az érvelés nem helytálló, hiszen a törvény nem határozza meg az előterjesztés idejét, és azzal 2009-től – az ajánlás elkészülte óta – mostanáig nem is foglalkoztak.
A rektor szerint tovább keresik a megoldást az egyetem státusának megmentésére. Azt sem tartja kizártnak, hogy aláírásgyűjtő akcióba fognak. Hozzátette: amennyiben nem kapják meg a szaktárcától kért türelmi időt, követelni fogják, hogy az intézményt vonják ki az akkreditációs folyamatból, amíg el nem éri fennállásának 14. évét.