Anyja a hagyomány szerint jobb családból származott, nagyon szép volt és buzgón vallásos. A későbbi reformátort az apja előbb a papi pályára szánta, végül Kálvin jogász lett, még a legmagasabb tudományos fokozatot, a doktorit is megszerezte 24 éves korában. Soha nem gyakorolta a jogtudományt, és a teológia elvégzése nélkül lett prédikátor Genfben 1537-ben.
Tizennégy éves korától Párizsban latint és teológiát, Orléans-ban jogot tanult. Itt ismerkedhetett meg a lutheri tanításokkal, majd a bourges-i egyetemen folytatta tanulmányait. Életrajzírói szerint bourges-i tartózkodása alatt mondott először evangéliumi szellemű prédikációt, de már Párizsban közeledik és csatlakozik az evangéliumi tanokhoz, ahol barátságot köt Nicolas Coppal, az egyetem rektorával.  Cop később, 1533-ban az egyetemi évet a „Boldogok a lelki szegények” bibliai témáról tartott beszéddel nyitja meg, amiben Erasmus és Luther szellemében elmélkedett. Ezért Copot eretnekséggel vádolták, s mivel a beszéd szövegét Kálvinnak tulajdonították,  mindkettőjüknek menekülniük kellett. Cop Kálvin hívására Baselbe került, Kálvin pedig hamarosan Angouléme-be távozott. A kívülállók számára is látható módon – írja Péter Katalin – 1533. november 1-jén, a menekülés napján változott meg Kálvin élete, attól az időponttól kezdve fonódott össze a protestantizmussal. A belső változást, elfordulását a római katolicizmustól már nehezebb datálni. Maga Kálvin „hirtelen megtérés”-ről ír. Angouléme-ben kis kör alakul ki Kálvin körül, akkor már a nagy mű, az Institutio a titkos beszélgetések témája volt. Az 1536–1538-as években Kálvin irodalmi és bibliai tanulmányoknak szentelte magát, és megvetette politikai-erkölcsi-vallási reformátori tevékenységének alapjait. 1536-ban Baselben kiadta Ins­titutio Christianae Religionis, A keresztyén vallás rendszere című – később tovább bővített – fő művét, a protestáns teológia egyik legjelentősebb könyvét, amelyet Európa legtöbb nyelvére lefordítottak. Bár a mű magyar fordítását csak később, 1624-ben adta ki Szenczi Molnár Albert (Az keresztyéni religióra és az igaz hitre való tanítás). A korabeli református világot bejárta egy magyar teológus, Thury Farkas Pál abaújszántói lelkipásztor latin nyelvű epigrammája, mely szerint: „ Az szent könyvek után, kiket az nagy apostolok írtak, / Ennél jobb könyvet még soha senki nem írt.”
Kálvin Guillaume Farel kérésére a reformációt elfogadó Genfben telepedett le, ahonnan több alkalommal is távozni kényszerült, de végül ez a város vált élete és munkássága szín­terévé. Hamarosan megszerkeszti A Genfi Egyház és istentisztelete megszervezésére vonatkozó cikkelyek szövegét. Itt vázolta az egyházi élet újjászervezését. Kálvin úgy vélte, hogy a genfi egyházat szervezve az ősegyház mintáját kell követnie, és ezáltal kell megerősítenie az egyház függetlenségét és szolgáinak isteni hatalmát. (Owen Chadwick, 1998) Az Egyházi rendtartás néven közismert rendszabályok bevezetése 1543-ban valósult meg a gen­fi köztársaság alkotmányaként. Újtestamen­tumi alapon négy hivatást ismertek el: pásztorok, akiknek az Evangélium hirdetésével, a szentségek kiszolgáltatásával és az egyházi fegyelem gyakorlásával kell foglalkozniuk; tanítók, akiknek feladata, hogy „a híveket az egészséges tanításra oktassák, hogy az Evangélium tisztasága ne romoljék meg a tudatlanság vagy hamis nézetek miatt”; vének (presbiterek), akiknek a polgárok viselkedése fölött kell őrködniük, s törődniük kell minden egyes család erkölcsi állapotával; diakónusok, akiknek a szegények és betegek segítésével, valamint az egyházi javak kezelésével kell foglalkozniuk. Kálvin az Isten igéje szerint épült és szervezett társadalmat akart, a két hatalom: a lelkipásztor és a hatóság (mindketten Isten szolgái) együttes felelősségével. (Sergio Ronchi, 1991)
Owen Chadwick angol történész szerint Kálvin átfogó hatása elsősorban teológiai rendszerének és bibliamagyarázatainak tisztaságán alapult. Amit mondott, lehetett nem szeretni, de félreérteni semmiképp. Tanítása azon a hiten alapul, hogy Isten különös gondviselése igazgatja a világ konkrét eseményeit. Kálvin döntő vallási megnyilvánulása az akarat alávetése az örökkévaló Istennek.
Kálvin az isteni gondviselés iránti vallásos érdeklődésével megújította az eleve elrendelés régi tanítását. Írásaiban arra emlékeztetett, hogy a protestánsok Luthertől, Szent Ágostontól és főleg Pál apostol Rómaiakhoz írt leveléből azt tanulták, hogy a keresztény [keresztyén] erkölcsi élet és annak eljövendő jutalma csak hit által fogadható el, a kegyelmes és szerető Isten ajándékaként. Isten némelyeket kiválasztott, másokat pedig nem – ezt tanítja a Szentírás, és ezt erősíti meg a megfigyelés. Az eleve elrendelés valóságát a Pál apostoli és ágostoni hagyományt követő keresztény teológusok egyöntetűen elismerték – hangsúlyozza Owen Chadwick a reformációról írt könyvében, majd hozzáteszi: Kálvin és Ágoston, Aquinói Tamás és Luther között igen csekélyek az elvi különbségek ebben a tekintetben. Közülük Kálvin számára az eleve elrendelés kérdése a vallásos gyakorlat és életvitel szempontjából döntő fontosságú,  hitvallása nem lehetett tárgya semmilyen okoskodásnak vagy kételkedésnek. Magabiz­tosságának, félelmet nem ismerő bátorságának, alázatának és erkölcsi erejének legmélyebb forrrása – ahogyan Owen Chadwick megállapítja – az a hitbéli meggyőződés volt,   miszerint a keresztény ember bizonyos afelől, hogy Isten örök életre választotta őt. Más vallástörténész kiemeli ugyanakkor, hogy az  Institutio Christianae Religionis, A keresztyén vallás rendszere szerint „Isten minden embernek kijelöli az elhivatását (universalis vocatio), s ők ebből nyerik azt a szuverén kegyelmet, ami a Szentlélek működése által válik haté­konnyá, az egyes hívőben. Az ember azonban nem báb az isteni kézben, hanem mindenestül felelős lény.” (Sergio Ronchi)