Háromszék vármegye ekképpen területileg és lakosság szempontjából is megnövekszik. A történelmi Háromszékhez csatlakozik Bardoc- és Kászonszék, Brassó vidéke (a város nélkül) és Felső-Fehér vármegye töredékei. Az eddig döntő többségben magyar ajkú lakosság mellett jelentős román és szász népességgel bővül az új vármegye. A területi átszervezés lebonyolításával báró Bánffy Farkas és Kemény Farkas kamarásokat, kormányszéki tanácsosokat bízzák meg. Szerkezeti szempontból az új vármegye három kerületre (Sepsi, Kézdi és Barcaság), ezek pedig több járásra tagolódtak. Sepsi kerület járásai: Angyalosi, Szentgyörgyi, Borosnyói, Uzoni, Baróti, Bardoci, Miklósvári; Kézdi kerület: Dálnoki, Barátosi, Orbai, Berecki, Peselneki, Kászoni járások; Barcasági kerület: Földvári, Feketehalmi, Rozsnyói, Hermányi, Hétfalusi és Törcsvári járások. Míg a Sepsi és Kézdi kerületekhez tartozó járások egyenként tíz vagy ennél több települést foglaltak magukban, a kászoni és barcasági járásoknak alig négy-öt falu jutott.

Az új vármegyében a főispán a központi hatalom képviselőjeként kevésbé szól bele a közigazgatás ügyeibe, a vezetés tulajdonképpen az alispánokat illeti meg. Háromszék vármegye főispánjának Szilágysomlyói Halmágyi Istvánt nevezték ki. A vármegye tényleges vezetése azonban a rendes alispán, gróf Nemes Ferenc kezébe került. Helyettesei, a másodalispánok egy-egy kerületért feleltek.

II. József császár reformok bevezetésére irányuló politikai törekvéseinek lecsapódása elsősorban két irányban érintette Háromszék társadalmát: az úrbéri rendezés és az osztrák—török háborúban való részvétel tekintetében. II. Józsefet a Horea vezette parasztfelkelés tanúsága megerősítette abban a hitében, hogy a jobbágykérdésben politikai megoldásra van szükség, és ezért sürgette az úrbérrendezést. Ilyen megfontolásból 1785. augusztus 2-án eltörölte a jobbágyok röghöz kötöttségét. Az urbáriumok összeállítása azonban komoly akadályokba ütközött a jobbágyság bizalmatlansága miatt. Az erdővidéki Olaszteleken, Bardocon és Vargyason a parasztok nyíltan megtagadták az elkészített úrbérrendezési ívek aláírását. A felülről jövő utasítás megtagadására pedig nemcsak a jobbágyok szóvivői, de azok a katonarendi falusfelek is biztatták a népet, akik immár szomorú tapasztalatokkal rendelkeztek a Bécs vezette államrendszer igazságosságát illetően. A szabad költözési jog lehetőségével élve a jobbágyok nagy számban hagyják el régi uraikat abban a reményben, hogy előnyösebb feltételek mellett cserélhetnek gazdát. A jobbágyparasztokat megtévesztette a császári rendelkezés, és nemcsak tömegesen távoztak a birtokokról, de a rendelkezés félreértelmezése miatt erőszakhullám, lázongások eluralkodásától lehetett tartani. A szabad költözködést szentesítő királyi rendelkezés megjelenése után Háromszék-szerte a parasztok nagy számban kezdenek elköltözni a birtokokról. A rendelet rossz értelmezése, illetve kellő jogi ismeretek hiányában, na meg a szabályok be nem tartása következtében a vármegyei hatóságokat elárasztják a panaszok és beadványok a nemesek és a parasztok részéről egyaránt. A császári decretum az elköltözés feltételeként szabta meg a jobbágyoknak nemesekkel szembeni tartozásának kiegyenlítését. A helyzet ennél azonban sokkal bonyolultabb volt. Első lépésként megállapították az eltávozás lehetséges időpontját, mely csakis a betakarodás utánra eshetett. A parasztok sok esetben a nemestől kapott, ún. colonicalis, tehát általuk használt földeken beruházásokat eszközöltek, házakat, gazdasági épületeket emeltek saját költségükön, ezek ellenértékét elköltözésük alkalmával szerették volna visszaszerezni. Gyakran előfordult, hogy a jobbágyok robotterhük egészével tartoztak uraiknak, akik csak ennek kiegyenlítése után voltak hajlandóak szabad utat engedni embereiknek. Az is előfordult, éppen a volt főkirálybíró, Henter Ferenc szentiváni, laborfalvi és komollói jobbágyaival, hogy miután megegyeztek az elmenetel feltételeiről, a gazda új parasztokat szerződtetett a távozók helyébe. Amazok elköltözési szándékai azonban nem sikerültek, emiatt továbbra is régi helyükön szerettek volna maradni, Henter Ferenc viszont nem értett ezzel egyet, és kérte az Állandó Táblát a kitelepítés végrehajtására. Gróf Nemes Ferenc alispánt és az Állandó Táblát elárasztják a panaszok, amelyeknek mindenki számára megnyugtató intézése lehetetlen volt, ezért az ismétlődő panaszok orvoslása évekig elhúzódott.

A jobbágyok abban a tévhitben éltek, hogy a császár őket támogatja a nemesség ellenében, ebben bízván vérszemet kaptak, és nemcsak egyezség és helyettes állítása nélkül hagyták el a nemesi birtokokat, de az ottmaradók is megtagadták a robotot, vagy csak saját érdekeik szerint teljesítettek ingyen munkát. Horváth Kozma ezredes-birtokos arról kesereg, hogy árkosi jobbágyai a közföldet saját belátásuk szerint használják, kirekesztve belőlük a nemeseket: ,,úgy a más falusi communitasokat és a possesorokat, uraságokat a communitatis beneficiumokból kirekesztik, kitagadják". Helyzetük javulásának elmaradását tapasztalva a tanácstalanság és elkeseredettség kerítette hatalmába a tehetetlen parasztokat. 1786-ban Lőrintz János kálnoki jobbágy írja a hatóságoknak: ,,felséges urunk decretuma mi körzetünkbe érkezvén annak mindenekben tartoztunk mi parasztokul engedelmeskedni, s engedelmeskedtünk is. A földesúraink némelykor őfelsége parancsolata ellen minket barmokhoz illő vezetés által is úgy annyira megnyomorgatnak, már nem tudjuk mitévők lehessünk, nincs kihez folyamodjunk." Zalánban 1786-ban az a lázító felszólítás terjedt el a lakosság között, hogy aki az ura jószágából el nem távozik, azt megbüntetik és kardélre hányják. A tanúvallomásokból kiderült, hogy a rémhír terjesztői között jobbágyok és katonák egyaránt voltak. A parasztság általános hangulatát és a felgyűlt feszültségek kezelhetetlenségét tükrözi az 1786 augusztusában Erdővidéken, Felsőrákoson kirobbanó lázadás is. A jobbágyok a számos megterhelő szolgáltatás miatt fellázadtak a Daniel família ellen, megtagadva a további dézsmaadást. A háromszéki nemes—jobbágy ellentétek és a felsőrákosi felkelés bizonyság arra, hogy II. József úrbéri reformja nem oldotta meg, sőt, gerjesztette a társadalmi feszültségeket.

II. József, a Habsburgok nagyhatalmi vágyait folytatva, 1788-ban háborúba keveredett Törökországgal balkáni befolyásának növelése érdekében. A háború terheiben az egész ország osztozott. Támogatásából nem maradt ki egyetlen helység vagy társadalmi réteg sem. A hadi események segítése kétféleképpen történhetett: fegyverrel katonaként, másrészt a hadsereg ellátásának minél zökkenőmentesebb biztosításával.

1787-ben a háború megkezdése előtt a császári politika nagyszerűségét dicsérő, az egész országot átfogó propagandakampányba kezdtek. Az 1787. október 15-én tartott közgyűlésen például felemlegették a székelység harci erényeit azzal a nyilvánvaló szándékkal, hogy harci kedvük dicséretével a hadsereg létszámát növelni lehessen. A nemesség szimpátiáját is el kellett nyerni, nemcsak az ő személyes részvételük reményében, de a jobbágynépesség háborús aktivizálása is elsősorban a nemességgel kialakított jó viszonyban rejlett.

Gróf Nemes Ferenc ügyvezető alispánként a vármegyei közgyűlésen a következőket mondotta: ,,mi is azért vármegyénknek minden renden lévő tagjai kikben a királyhoz viseltető hivséges indulat, tökéletes szeretet és kész engedelmesség gyakoroltatik felséges rendelésének szentségét mi alázatossággal tiszteljük, azokhoz szabni magunkat teljes szivvel igyekszünk, emelett őfelségéhez tartozó hivségünket életünknek is elszánásából bizonyitani készek vagyunk, folyamodunk egyszer s mind őfelsége édesatyai kegyelmességéhez, hogy bennünket védelmező szárnyai alatt továbbra is oltalmazni és országunknak és helységeinknek állapotját csendes nyugadalomra és boldog előmenetelre vezérelni kegyelmesen méltoztassék. Jól lehet mostanában vármegye nevezet alatt vagyunk, de az a nemzet,aki székely nemes vérből származott, s ma is székely nevet és szivet visel, az a nemzet akinek elejink ezen kicsiny, sovány, hideg helyünket senkitől nem koldulta, pénzen nem vette, hanem fegyverrel és vérével szerezte és egynéhány száz esztendöktől fogva máig békével bírja. Ez a nemzet az aki ezen lakóhelyének, törvényeinek s kevés nemesi szabadságának megtartásáért felséges uraihoz mindenkor hű volt értéket, vérét, őfelsége szolgálatjáért feláldozni készen állott és készen áll ma is." Beszédében Nemes Ferenc a vármegye feltétel nélküli elkötelezettségéről biztosította az uralkodót és a Guberniumot.

Háromszék vármegyében, mivel a szabad székelyek már amúgy is határőr katonai feladatokat láttak el, egyetlen lehetősége kínálkozott a katonaverbuválásnak, ez pedig a jobbágylakosság bevonásával történhetett. Kezdetként Háromszékre 318 jobbágykatona kiállítását osztották. A háború elején a toborzás az önkéntesség elvére épült, később ez már nélkülözött mindenféle önakaratot, és az erőszakra alapozódott.

1788-ban a háromszéki haderő: a székely huszár és a II. határőr gyalogezred cselekvő részese volt a Törcsvári-, Tömösi-, Ósánci-, Bodzai- és Ojtozi-szoros védelmében folytatott harcoknak. A következő években a hadműveletek súlypontja áttevődött Moldvába és Havasalföldre, ahol a veszteségeket nem is annyira az ellenség fegyverei okozták, mint inkább az ott uralkodó járványok. A háború veszteségeinek nagyságát összesítő adatok hiányában csak feltételezni lehet, ám mindenképpen az 1848-as szabadságharcban elesettekénél nagyobb volt az áldozatok száma

1790-ben II. József halálával reformjainak java része érvényét veszítette. A visszarendeződés évei következtek. Az egész Erdélyre kiterjesztett megyerendszer széthullt, és helyébe Székelyföldön újjászerveződik a széki rendszerű közigazgatás. Az egységesítésre és központosításra épülő államigazgatás helyébe visszaáll a több önállósággal és önkormányzatisággal felruházott, és régi területeire korlátozódó adminisztráció. A jozefinista átalakulások zavart és elbizonytalanodást okoztak a lakosság körében. Forrongott Háromszék társadalma. Az előző évek parasztmegmozdulásaival nem ért véget a nyugtalanság. Az elégedetlenség általánosan, minden rétegre kiterjedt. Az elhúzódó és semmiféle várt eredményt nem hozó hadiállapot, az erőszakkal elhurcolt jobbágykatonák hiánya mindinkább a háború iránti ellenérzést váltotta ki a nemesi rend részéről is, mert a munkaerő nélkül maradt gazdaságok képtelenek voltak a szükségletek előállítására. Azt sem tudták elfogadni, hogy az állandó létszámhiányra hivatkozva a nemesi rendhez tartozó személyeket is katonának vittek, és még a háború befejeződésével sem tisztázódott jogi helyzetük.

1791. április 1-jén a Gubernium a főkirálybírói tisztségbe kinevezte hidvégi gróf Nemes Jánost. Beiktatásán két háromszéki származású kormányszéki tisztviselő vett részt: kilyéni Székely Dávid országos kancellár és hilibi Gál János főkormányszéki tanácsos. A frissen kinevezett székvezető egy év után már felettesei bizalmát elnyerve császári kitüntetésben részesült. Benkő János kézdiszéki alkirálybíró 1792. július 30-án az alkalomra rendezett ünnepségen így köszöntötte az elöljárót: ,,őfelsége excelenciádnak tetemes érdemeit méltó tekintetbe venné, a Szent István rendjével és aranykereszttel megajándékozni, melynek székünk és székely nemzetünk örvend és kivánjuk, hogy az Isteni kegyelem hosszas élettel és előmentelellel áldja meg".

A jobbágyok élve a szabad költözködés törvény adta lehetőségével, jelentős számban hagyják el a nemesi birtokokat, keresnek új, jobb életkörülményeket és munkafeltételeket. Egyezkedések, pereskedések, hatósági vélemények alapján bizonygatják igazukat a szemben álló felek. A katonáknak a kimerítő háború okozta szenvedések alkalmat kínálnak általános panaszaik megfogalmazására: a határőri hadi szolgálat megreformálását sürgetik.