Elsőként a megyei kórház nőgyógyászati és újszülöttosztályán, valamint a szülőszobán rendeltek el karantént március 21-én, és még ugyanabban a hónapban az intenzív terápiás osztályt is le kellett zárni. Ekkor már szükségállapot volt érvényben az országban, és a megyei kórház megkezdte a felkészülést a vészhelyzetre. Az intézmény intenzív terápiás osztályán március 30-án jegyezték az első, koronavírus-fertőzéssel összeköthető halálesetet. A megyei kórház áprilistól a brassói kórház háttérintézményeként működött, a fertőzés egyre jobban terjedt a lakosság és a kórházi alkalmazottak körében is, április végén már közel ötven fertőzöttet (köztük brassóiakat is) láttak el a megyei kórházban, május közepén pedig megkezdte működését a kórház saját mikrobiológiai laboratóriuma, ahol azóta is végzik az új típusú koronavírus jelenlétét kimutató teszteket, amire addig Háromszéken egyedül a Pro Vitam diagnosztikai központban volt lehetőség.

Nyár elején enyhült a járvány terjedése, a megyei kórház júniusban újranyitotta a járóbeteg-rendelőket, a kézdivásárhelyi kórház ellenben még mindig alig bírta ellátni az oda átirányított betegeket. Augusztustól a tünetmentes fertőzötteket nem kellett beutalni, az érintettek otthoni elkülönítésben maradtak. Szeptemberben jött a járvány második hulláma, országosan elérte az ezerötszázat a napi új esetek száma, és átléptük a százezres esetszámot a járvány kezdete óta, Háromszéken pedig az ezrediket. A sepsiszentgyörgyi megyei kórházban egyszerre hetvennél is több fertőzöttet kezeltek, bővíteni kellett a COVID-os betegeket ellátó felületeket, az intenzív terápián tíz ágy folyamatosan foglalt volt.

A 2021-es esztendő az oltási kampány indításával kezdődött, első körben az egészségügyi és a szociális ágazatban dolgozók kapták meg a vakcinát, a második szakaszban a lakosság is kérhette a védőoltást, január végéig Háromszéken több mint négyezren éltek a lehetőséggel. Több hónapos online oktatás után februárban a diákok fele térhetett vissza az iskolapadba. Márciusban már a járvány harmadik hullámáról érkeztek a hírek, a vírusgörbe ismét felfelé ívelt Háromszéken is, ahol abban az időszakban a megyei kórház beutaltjainak harmadát a COVID-osztályon kezelték. Újból lassult a járvány terjedése, és az oltási kedv is egyre csökkent, megnyitották a kórházi osztályokat a beteglátogatók előtt. Júliusban volt olyan nap, amikor egyetlen koronavírusos pácienst sem kezeltek a megyei kórházban, a megyei közegészségügyi igazgatóság egyik augusztus eleji jelentésében aznap egész Háromszéken nem tartottak nyilván egyetlen fertőzöttet sem.

A járvány szeptemberben megjelenő negyedik hulláma Háromszéket sem kerülte el, a heti új esetszám meghaladta az ötvenet, október közepén előfordult, hogy egy nap alatt 150 új megbetegedést jegyeztek, és egyre több volt a súlyos beteg. Az enyhébb eseteket a megye más kórházai vállalták át. Háromszéki viszonylatban a járvány fekete hetének nevezhetjük október utolsó és november első napjait, amikor huszonhárman veszítették életüket koronavírussal összefüggő betegség miatt a megyei kórházban, egyikük sem volt beoltva.

Az esztendő végén hullámzó volt a fertőzés terjedése, 2022 elején is folytatódott a járványmutatók ingadozása. Az új esetek számának jelentős csökkenését tapasztalva az országos stratégiai törzs március 13-tól megszüntette a COVID-19 világjárvánnyal kapcsolatos jelentéseket, ezért az említett dátumon közzétett utolsó adatok alapján vonható meg az elmúlt két év háromszéki járványmérlege: az igazolt esetek száma 19 032, míg az elhunytaké 643. A megyében 121 964 adag védőoltást használtak fel, 42 542-en kapták meg a második adagot is, 16 436 személyt egydózisú vakcinával immunizáltak, a harmadik dózissal 16 513 személyt oltottak be. A COVID-ágyak kihasználtsága a megye négy kórházában 18,5 százalék, március 13-án 349 fertőzöttet tartottak nyilván Háromszéken. Az oltási központok nyitvatartási idejét lecsökkentették, igénylés hiányában nem végeznek antigéngyorstesztet ezekben a központokban.

Az egészségügyi minisztérium folytatja a napi jelentéseket, ezek szerint március 13. után újból megnövekedett a napi esetszám, országosan 3–4 ezer új fertőzést jegyeznek 24 óra alatt, Háromszéken említett dátum óta közel százan fertőződtek meg.