A tanfelügyelőség igazgatótanácsa szeptember 8-án hozott határozatában úgy vélte, nem felel meg a tanügyi törvény előírásainak az a mód, ahogyan a marosvásárhelyi városi tanács elindította az iskola újraalapítását, ezért negatívan véleményezte az önkormányzati képviselő-testület augusztus 25-i határozatát. A tanfelügyelőség azt közölte, hogy az oktatási minisztériumtól kért szakvéleményt az iskolaalapítási szándékot jelző önkormányzati határozatról, és álláspontját a minisztériumtól kapott válasz alapján alakította ki. A Zi-de-zi.ro portál jól értesült forrásokra hivatkozva arról tájékoztatott, hogy a tanfelügyelőség 11 tagú igazgatótanácsában egyhangú döntés született a hozzájáruló véleményezés elutasításáról.

Kallós Zoltán, az oktatási minisztérium kisebbségi oktatásért felelős államtitkára és Frunda Csenge, a marosvásárhelyi városi tanács RMDSZ-frakciójának vezetője azonban korábban azt nyilatkozta a Transtelex portálnak, hogy az iskolahálózat módosítási szándékát jelző augusztusi önkormányzati határozat és ennek a tanfelügyelőségi véleményezése az iskolaalapítási folyamat szükséges, de nem lényeges lépései. Kallós emlékeztetett arra, hogy a helyi iskolahálózat kialakítása az önkormányzat hatáskörébe tartozik. Ha ezen módosítani kíván, a szándékát előre jeleznie kell a tanfelügyelőségnek, valamint a közoktatás minőségét ellenőrző ügynökségnek, az ARACIP-nek is, ez utóbbi intézmény feladata megállapítani, hogy teljesülnek-e egy új iskola megalapításának a feltételei. „Ahhoz, hogy a marosvásárhelyi katolikus tanintézet a 2023–2024-es tanévben újraindulhasson, a városi tanácsnak az idei év vége előtt módosítania kell az iskolahálózatot. Ez lesz az a döntés, amihez már a tanfelügyelőség hozzájárulására is szükség lesz” – részletezte az államtitkár.

A marosvásárhelyi városi tanács augusztus 25-i ülésén szavazott a városi iskolahálózat struktúrájának a módosítási szándékáról, és ezen belül a II. Rákóczi Ferenc Római Katolikus Gimnázium ismételt létrehozásáról. A határozat az első lépés volt az iskola újraalapítási folyamatában, mely ha sikeresen halad tovább, a tanintézet a 2023–2024-es tanévtől kezdhet ismét önálló intézményként működni.

Az iskola bejegyzési folyamatát azért kellett immár harmadik alkalommal újraindítani, mert a legfelsőbb bíróság május 3-án kimondott jogerős ítéletében érvénytelenítette a II. Rákóczi Ferenc Római Katolikus Gimnázium létrehozását elrendelő miniszteri rendeletet. Az iskola a római katolikus egyház épületeiben folytatta a működését, és kezdte el múlt héten az új tanévet, de ehhez a Bolyai Farkas Gimnázium biztosította számára a jogi keretet. A 2014 óta működő iskolát azért kellett 2018-ban miniszteri rendelettel újra létrehozni, mert korábbi létrehozásában a korrupcióellenes ügyészség (DNA) törvénytelenséget látott, és vádat emelt Tamási Zsolt iskolaigazgató és Ștefan Someșan volt főtanfelügyelő ellen. A per vádiratát a bíróság kiegészítésre visszaküldte a vádhatóságnak, és a kiegészítés azóta sem történt meg, de az iskola ellen indított perek az intézmény megszűnéséhez vezettek. A magyar kormány 2017 szeptemberében bejelentette: a tanintézet jogi státusának megszűnte miatt vétót emel Románia OECD-csatlakozása ellen, majd később, amikor Liviu Dragnea, a Szociáldemokrata Párt (PSD) akkori elnöke biztosította a magyar miniszterelnököt az iskola újraalapításáról, Magyarország visszavonta a vétót.

A tanintézet azért szálka a román nacionalista szervezetek szemében, mert a római katolikus egyház 2004-ben visszaperelte az egykor államosított marosvásárhelyi iskolaépületeit. A katolikus gimnázium egykori főépületében ma Marosvásárhely román tannyelvű elitiskolája, az Unirea Főgimnázium működik. Az elitiskola szülői és tanári közössége attól tart, hogy ha újraalakul a katolikus iskola, egy idő után igényt fog tartani egykori épületeire. A II. Rákóczi Ferenc Római Katolikus Gimnázium az iskola régi épületében és más egyházi ingatlanokban kezdte meg működését.