Alapvető nézeteltéréseket hozott felszínre az Európai Parlamentben a Kisebbségvédelmi Frakcióközi Bizottság kezdeményezésére a hagyományos nemzeti és etnikai, valamint a bevándorló európai kisebbségek védelme tárgyában tartott vita. Az EU kisebbégvédelmi keretegyezménye elfogadására irányuló kezdeményezés kudarcot vallott.
A vitát Tabajdi Csaba európai parlamenti képviselő kisebbségek iránt elkötelezett előterjesztése vezette be. Jaques Barrot EB-főbiztos a túlzott elvárásoknak elébe menve leszögezte, hogy az Európai Uniónak nincs általános hatásköre a kisebbségek védelme ügyében, mivel az a nemzeti kormányok hatáskörébe tartozik. A magyar képviselők — Gál Kinga (Fidesz), Szent-Iványi István (SZDSZ), Harangozó Csaba (MSZP) — általában véve a kisebbségi kollektív jogok, illetve az autonómia ügye mellett foglaltak állást, és egységes európai kisebbségvédelmi rendszer bevezetését sürgették. Sógor Csaba RMDSZ-es EP-képviselő leszögezte, az unióban használatos önrendelkezések különböző formái — területi vagy kulturális autonómia, amely a többség és kisebbség konszenzusos politikájának az eredménye — nem gyengítették sem az EU, sem az illető ország gazdasági, politikai, társadalmi erejét. Winkler Gyulával egyébként — utalva a román EP-képviselők magatartására és Traian Băsescu Budapesten elhangzott autonómiaellenes nyilatkozataira — közös nyilatkozatban szögezték le: „Nem tudjuk elfogadni, hogy Romániában ismét felerősödtek a nacionalista hangok, míg az Európai Parlamentben azt hangoztatják, hogy otthon modellértékű a kisebbségi közösségek státusának rendezése."
Tőkés László emlékeztetett: a volt szovjet kommunista tábor országaiban az elnyomott kisebbségek ügyeinek nemzetközi rendezését az egymás ügyeibe való be nem avatkozás elve alapján utasították el. Éppen ezért elfogadhatatlannak minősítette, hogy az Európai Unió is az egyes tagországok önálló hatáskörébe utalja kisebbségeik helyzetének megoldását. „A nacionálkommunista időkre emlékeztető, diktatórikus álláspontnak és Európától idegen, demokráciaellenes megnyilatkozásnak tartom Traian Băsescu román államelnöknek az erdélyi magyarok kollektív jogok és autonómia iránti jogos igényét visszautasító budapesti kijelentéseit" — foglalt állást Tőkés.
A felszólaló román EP-képviselők többsége az autonómia ellen foglalt állást, Adrian Severin volt külügyminiszter szerint az Európa Tanács, valamint az Európai Unió kisebbségvédelmi rendszerének megkettőzése káros volna, és konfúziót okozna.
