A Moldovai Köztársaság hatályos alkotmányát 1994 júliusában fogadta el a parlament. Ennek értelmében az egykamarás törvényhozás százegy tagját általános választójog alapján négy évre választják. A legutóbbi, 2009. áprilisi 5-i megmérettetés során a kommunista párt a hivatalos eredmény szerint többséget szerzett, ám az ellenzék csalást emlegetett, és tiltakozó tüntetéseket szervezett. A demonstrációk április 7-én zavargásokba torkollottak, a tüntetők egy időre megszállták az államfő rezidenciáját és a parlament épületét, utóbbi egy részét felgyújtották. A megmozdulások nyomán több mint háromszáz embert vettek őrizetbe. A folyamatos tüntetések nyomására Voronin elnök az alkotmánybírósághoz fordult, amely 12-én elrendelte a szavazatok újraszámlálását és a választói névjegyzék ellenőrzését. Az újraszámolás megerősítette a kommunisták sikerét, a 21-én ismertetett hivatalos végeredmény szerint a kommunista párt hatvan képviselői helyet szerzett, a két liberális párt tizenöt-tizenöt, a Mi Moldovánk pártszövetség pedig tizenegy mandátumhoz jutott.

A Moldovai Szovjet Szocialista Köztársaság parlamentje 1991-ben határozott a Moldovai Köztársaság név felvételéről, és kikiáltotta a függetlenséget, a Szovjetunióból való kilépést. A Dnyeszter mentén élő ukrán-orosz tömb öt nappal később Transznisztria Köztársaság néven kinyilvánította elszakadását Moldovától, amelyet 1991. december 1-jén népszavazás erősített meg. Elhúzódó háborúskodás, véres összecsapások után 1994-ben Kisinyov az alkotmányban különleges autonómiát biztosított a Dnyeszteren túli Köztársaságnak és a Gagauz Köztársaságnak. Ez utóbbi területen a 150 000-es török ajkú népcsoport belenyugodott a megoldásba, de a 750 000-es Transznisztria azóta is őrzi különállását.