Ezzel kezdetét vette a Báthory fejedelmek kora Erdélyben, ami alatt kevesebb volt a békés, mint a háborús év. 1571 és 1610 között öten voltak Erdély uralkodói, akár vajda, akár a fejedelem címet viselték: a már említett István, aztán Kristóf (1581—1586), Zsigmond (1586—1598), András (1598—1599) s többévi kihagyás után Gábor (1608—1613). Köztük István volt a legjelentősebb, akit az Erdélyi Fejedelemség legnagyobb politikusai s uralkodói közt tart számon a történelem. Őt 1575-ben a lengyel rendek királyukká választották, de Erdély irányítását ezután is kezében tartotta.
Előre kell bocsátanunk, hogy a Báthoryak és a székelyek viszonya — kevés kivételtől eltekintve — nem alakult kedvezően, olykor éppenséggel ellenséges volt, és ennek mindkét fél számára súlyos következményei voltak. Okait még nem tárta fel kellő mértékben a történetkutatás, de annyi a forrásokból kiderül, hogy több tényező is hozzájárult ennek alakulásához: a székely szabadságjogok el nem ismerése a Báthoryak részéről, illetve a székelyek szövetkezése a Báthoryak ellenfeleivel, gyakori fegyveres megmozdulásuk jogaik elismertetéséért. Kedvezőbb volt a Báthory Gáborral való kapcsolatuk, de erről később szólunk. Most vegyük sorra röviden a történteket.
A Báthory család ősi magyar nemzetségek leszármazottja volt, amely a 14. században két ágra szakadt: az ecsedi, illetve a somlyói ágra, utóbbi Szilágysomlyóról nyerte elnevezését. Az elődök között váradi püspököt, erdélyi vajdát (a kenyérmezői hős), országbírót, nádort tart nyilván a magyar történelem.
Mivel befolyásos és gazdag nemzetség sarja volt, Báthory István uralkodásától sokat várt Erdély, annál inkább, mivel uralkodása kezdetére az Erdélyi Fejedelemség helyzetének tisztázása előbbre haladt: az 1570-ben megkötött speyeri egyezményben János Zsigmond lemondott a ,,választott király" címéről, s felvette az ,,Erdélyi Nagyságos Fejedelem" címet, elismerve Habsburg Miksa császárt (1564—1576) felettesének. Miksa viszont beleegyezett abba, hogy az erdélyi rendek szabadon válasszanak fejedelmet, s ezzel tulajdonképpen elismerte a Partiummal kiegészült s így nagyobbá s erősebbé vált Erdélyi Fejedelemség önállóságát is.
Az erdélyi rendek éltek a kivívott jogukkal, s 1571-ben Báthory Istvánt választották fejedelemmé, akiről közismert volt, hogy Erdélynek a török portához való, aránylag kedvező viszonyát fenn akarja tartani. Uralkodása azonban emiatt viharosan s ellentmondásosan kezdődött. Bécs ugyanis szívesebben látta volna helyette az erdélyi fejedelmi székben a Habsburgok felé orientálódó Bekes Gáspárt, akit viszont ez erdélyi rendek mint ,,hirtelen felkapaszkodott", új embert nem fogadtak el. A török sietett Báthory Istvánt megerősíteni, aki azonban Fráter György politikai örökségét tiszteletben tartva, a két nagyhatalom közti egyensúlypolitikát követte, s miután a töröknek hűségesküt tett, Miksa császárnak is hűséget ígért. Tehetség és bölcsesség kellett ahhoz, hogy ilyen előzmények után sikeresen intézze Erdély ügyeit.
Hogyan alakult a székelyek és a Báthoryak viszonya a következő három évtizedben, különösen István, majd Zsigmond idején?
A kezdet nem volt biztató: a székelység már a fejedelemválasztó országgyűlés idején nagyobb fegyveres tömegben sereglett össze Tövisen, aztán elindult Gyulafehérvár felé azért, hogy nyomatékot adjon saját elvárásainak: az öröklött, de néhány éve elvett szabadságjogainak elismertetéséért. Báthory István azonban fenyegetésnek ítélte a székelység tömeges megmozdulását, s erélyes fellépéssel visszatérítette őket, miután a helyzetük súlyosságát felvázoló panaszlevelüket átvette. Báthory kemény fellépése elrettentette a székelyeket, ezért ők siettek rövidesen Báthory ellenfele, Bekes Gáspár mellé pártolni, aki Miksa császár támogatásával hadat indított Erdélybe a fejedelmi trón megszerzéséért. A székelység Bekestől várta helyzetének kedvező rendezését. Jól látható, hogy a két nagyhatalom vetélkedése a speyeri egyezmény ellenére fegyveres konfliktus kirobbanásához vezetett Erdélyben.
Báthory és Bekes hadai döntő ütközetben a Küküllő megyei Kerelőszentpálnál csaptak össze, amely Báthory győzelmével végződött. A vesztes oldalon álló székelységen a győztes fejedelem bosszút állt: több (ellene harcoló) székely főembert a helyszínen kivégeztetett, 34-et felakasztottak, s a kortárs történetíró, Bethlen Farkas szerint több mint 34-et megcsonkítottak: orrukat és füleiket lemetszették, sokakat fogságba vetettek. Egy feljegyzés szerint Báthory a történtek után kijelentette: azért kellett ennek megtörténnie, hogy okulásul szolgáljon az utókornak: ,,Akik szabadságukat akarják elnyerni, nem a fejedelem hatalmának kisebbítésével kell elérniük, hanem a hazának tett kiváló szolgálatokkal kiérdemelniök." Ennek a politikának jegyében azoknak, akik segítették Bekes ellen, székely jobbágycsaládokat, valamint primori vagy lófői okleveleket ajándékozott. Ebben a tekintetben Báthory István az elődjének, János Zsigmondnak a politikáját folytatta, ezért a székely közrend tovább pusztult, s jobbágyi állapota megerősödött. De tény, hogy Báthory István helyzete megszilárdult, s így hozzáláthatott politikájának megvalósításához.
Báthory István egyensúlyozó politikája a két nagyhatalom között az Erdélyi Fejedelemség önálló államiságát volt hivatott elősegíteni, de ő távolabbi céljának tulajdonképpen a török hatalom térhódításának megfékezését, sőt, a Magyarországról és Európából való visszaszorítását tűzte ki, ami lehetővé tenné Magyarország korábbi egységének visszaállítását is. A fejedelem azonban tisztában volt azzal, hogy ezt a nagy célt csak a Habsburg-hatalommal, valamint más európai országokkal együtt valósíthatja meg. Ebbéli törekvését a lengyel királysága idején tovább építgette, s Erdélyt is e politika érdekében kívánta kormányozni. Ami erdélyi belpolitikáját illeti: a helyzet korántsem volt egyszerű. Uralma kezdetén Erdély magyarsága nagyrészt protestáns, mi több, a Dávid Ferenc alapította unitárius vallás híve, maga a fejedelem viszont buzgó katolikus volt, s nem titkolta, hogy szeretné Erdélyben a katolicizmust megerősíteni. Behívta a jezsuitákat Erdélybe, s 1581-ben katolikus egyetemet alapított Kolozsvárt. De mindezek ellenére tartotta magát az 1568-ban meghirdetett vallási türelemhez, amelyre egyébként esküjében is kötelezte magát. Erdélyi politikáját bátyja, Kristóf hajtotta végre, aki 1576-tól Erdély vajdája volt.
Báthory Istvánnak a maga elé kitűzött nagy stratégiai célját nem sikerült elérnie korán, 1586. december 12-én bekövetkezett halála miatt. Terve utódaira szállt. Utódja a kiskorúként 1581-ben fejedelemmé választott Zsigmond volt, de csak 1588-ban, nagykorúsítása után kezdhette meg a tényleges uralkodást. Apja Báthory Kristóf volt.
Zsigmond tehetséges és művelt fiatalember, de nagyravágyó, ugyanakkor lelkileg kiegyensúlyozatlan, befolyásolható egyéniség volt. Nem volt túl nehéz dolga nevelőjének, a jezsuita páter, pápai követ Alfonso Carillónak, hogy szélsőséges katolikussá nevelje, s a Habsburg-udvar terveinek megnyerje. Ez a török ellen indítható háború terve volt.
Erdély rendjeinek többsége azonban szerette volna elkerülni a háborút, amely veszélyeztette az egyensúlypolitika eredményeit, ezért ellenezte Zsigmond háborús tervét. Így foglalt állást a székelység is: az 1594-es országgyűlésen Csík-, Udvarhely- és Háromszék határozottan a törökkel való szakítás ellen szavazott, Maros- és Aranyosszék, valamint a szászok viszont mellette foglaltak állást. A vérengzésre hajlamos fejedelem azonban fő tanácsadója, Bocskai István segítségével a kor szokása szerint kegyetlenül leszámolt ellenfeleivel, s a ,,törökpártiak" nagy részének fejét vették.
Ezután meg lehetett hirdetni a törökök elleni havasalföldi háborút, amelyhez sok katonára volt szükség, és a székelyek ebben esélyt láttak arra, hogy a János Zsigmond alatt elvett szabadságukat visszaszerezzék, megszabaduljanak a kényszerű jobbágyságtól.
A székelység tisztában volt ugyanis azzal, hogy eddigi szabadságának, a libertásnak a jogforrása mindig a katonai szolgálat volt, amit Mátyás király óta a székely alkotmány tételesen is kinyilvánított: azt a székelyt, aki saját költségén eleget tett a hadi kötelezettségének, senki sem foszthatta meg személyi szabadságától, nem tehette jobbággyá, erőszakkal szolgájává. Az 1562-es nagy felkelés óta több mint három évtized telt el, a jobbágyi alávetettséget gyűlölő székelység 1595-ben Zsigmond fejedelem felhívására tömegesen jelent meg a Brassó melletti (feketehalmi) katonai táborban, ahol küldöttei útján hozta a fejedelem tudomására, hogy ,,készek a hazáért vérüket ontani, csak a fejedelem őméltósága állítsa vissza őket régi szabadságukba".
Báthory, mérlegelve a székelyek ajánlatát, s megfontolva, hogy a székelység ,,a hunoktól, a magyarok legősibb elődeitől származik, ezért alkalmasabb háborús fáradozásra, mint paraszti szolgálatra. Ez okoktól vezettetve tehát a fent nevezett székek valamennyi székelyét, kik mindeddig plebejusi sorban voltak, és akik készek e háborúban részt venni, hazájuknak hű szolgálatot teljesíteni", kiemelni a plebejusi rendből. A fejedelem feltételei az alábbiak voltak: I. Kötelesek egyenként személy szerint esküvel engedelmességet fogadni a fejedelemnek és törvényes utódainak. II. Tartoznak minden házuk után évente Szent György-napkor a fejedelmi kincstárba egy-egy forintot befizetni. Mindenszentek ünnepére egy-egy nagy köböl búzát, ugyanannyi zabot, fél köböl bráhát (pálinkafajta). III. A fentiek mellett rendkívüli adózásban az ország alkotmányát tartsák be. A várak maradjanak sértetlenül, a nemesek birtokolhassák saját házaikat, földjüket, amit vagy pénzen szereztek, vagy örököltek. ,,A többit azonban, amit erőszakkal foglaltak el, akár valami más ürüggyel sajátítottak ki, adják vissza a közösségnek. A közös javakat mindkét fél egyenlő joggal használhatja." A felszabadító levél azt is előírta, hogy a templomokat és a kolostorokat állítsa vissza, a papok szokott jövedelmüket kapják meg, a mezővárosok élhessenek kiváltságaikkal. A Feketehalomban tartott tábori országgyűlésen kiállított oklevélben a fejedelem megígérte a székely jobbágy nép felszabadítását a hadszolgálat fejében.
