1766. július 17-én egy újabb besorolás szerint már Háromszék adminisztrátoraként említik. 1767-ben az adminisztrátorság mellett Háromszék Folytonos Táblája elnökének is kinevezik. 1769. március 6-án főkormányszéki rendelkezés szerint adminisztrátori beosztását főkirálybíróságra változtatják száz aranyforintos évi javadalmazással.

A székely határőrség megszervezése ugyan megtörtént, a dolgok neheze azonban még hátravolt. A központi utasításra és osztrák mintára megalakult intézmény beépülése Háromszék társadalmi és közéletének mindennapjaiba nem ment zökkenőmentesen. Az eddig polgári igazgatás által irányított térség életében merőben új tényezőként jelentkezett a katonai hatalom a rá jellemző sajátos szerkezeti felépítésével. A nagyjából fele-fele arányú civil, illetve katonai elem az adminisztrációban is kettősséget eredményezett: míg a katonaságnak a Szebenben lévő Főhadivezérség, illetve az ezredparancsnokságok dirigáltak, addig a civil lakosság továbbra is a főkormányszékhez, illetve a széki vezetéshez tartozott. Az igazgatás szempontjából közös kérdéseket, mint: a katonák részvételét a közigazgatásban, pereskedéseket, a jobbágyok katonai jellegű terheit stb. külön rendelkezések szabályozták, amelyek alkalmazása azonban sok bajjal és vesződéssel járt. Mindezek mellett talán a legfontosabb, megoldásra váró feladat a békesség és megértés kialakítása volt az ellentétes érdekeket megjelenítő csoportok között. Ezért hangsúlyozták igen gyakran mindkét fél részéről a jó harmónia, a békés egymás melletti lét, a kölcsönös bizalom megteremtésének szükségességét. Annál is inkább fontos volt a kétpólusú társadalmi berendezkedés közötti nyugalmi állapot kialakítása, mert mindenki tudatában volt annak, hogy a sorozás idején csak a brutális erőszak alkalmazása vezetett sikerre a lakosság lecsendesítésében, az ilyen állapot viszont aláaknázhatta volna a normális kapcsolatok meghonosodását. Az átmeneti időben sok volt a bizonytalanság, időre volt tehát szükség, a jogi és együttélési normák meggyökeresedéséhez, amelyek szabályozhatták volna a két társadalmi osztály egymáshoz való viszonyát, ezért már a határőrség megalakulását követő első években a helyi és központi szerveket elárasztják a panaszok a visszaélésekről, a katonai hatóság uralkodási kísérleteiről. Az ellentétek elmélyülésének megfékezése érdekében már 1767-ben a Főhadivezérség és a Gubernium kivizsgálást rendelt el a panaszok felleltározását illetően. A kivizsgáló bizottság a következő kérdésekben tájékozódott: a katonai hatalom bevezetésével kiket vertek, szidalmaztak, hol, mikor és miért; kiket hova, hány marhával kényszerítettek közmunkára vagy királyi szolgálatra, mit fizettek ezért; tűzifát mennyit és milyen minőségűt követeltek a jobbágyoktól; a szabályzat ellenére a tisztek kovártélyt követeltek-e a jobbágyoktól, és mit fizettek érette. A panaszok özönéből néhány általánosan jellemző adatot ragadunk ki: elégedetlenséget okozott, hogy a helységekben megtelepedő különböző rangfokozatú altisztek vagy tisztek hatalmukkal visszaélve a civil lakosságot mindenféle katonai jellegű feladatra kényszerítik. Ezek közül a leggyakoribbak a tisztek és hadianyagok fuvarozása kisebb vagy nagyobb távolságokra, ami nemcsak időigényes volt, de sok esetben még a megállapított igen alacsony fuvardíjat sem fizették ki érte; a lakosság számaránya szerint osztották fel a tisztek és katonai épületek tűzifaellátását a katona- és jobbágyrész között. A tűzifa nagyon alacsonyra szabott árának kifizetését is legtöbbször elfelejtették, nem beszélve arról, hogy a tisztek kényük-kedvük szerint válogattak a fa minőségében. A jobbágyokat különböző ház körüli és mezőgazdasági munkákra szorították, minden javadalmazás nélkül. Bikfalván például arról keseregtek a jobbágyok, hogy a tehénhúson kívül semmi más élelmiszert nem vásároltak a tisztek, hanem a szegénységgel tartatták el magukat. S ha mindezekhez még hozzátesszük a megalázó bánásmódot, a szitkozódást, verést, zárkába tételt, elégséges bizonyítékul szolgál a jobbágyság lelkiállapotának rossz irányú változására, ez pedig alig néhány évvel a határőrség megalakítását követően történt.

Ilyen előzmények után kétszínűen és cinikusan hangzik jó harmóniáról beszélni. Ezt cáfolja egyébként 1769-ben Ernst József alezredesnek a főkirálybíró katonaellenes magatartását rögzítő jelentése is: ,,még azokra a nemes urakra is nagy haraggal vagyon, akik a tiszt urakkal jó harmóniában élnek, mivel hogy ez legjobban kimutatja a maga jóindulatát a militáris státushoz. Tisztességesebb és dicséretesebb volna, ha Henter adminisztrátor úr Törököt, Dombit és a többieket arra intené, őfelségének parancsolatja szerint, hogy a militáris státussal jó harmoniában élnének, és nem, hogy maga elöljáró lévén azt kívánja és azon igyekszik, hogy őket korumpálja". Amikor a lakosság egy részét felfegyverezték, a másikat pedig nem, a katonaság az erőhatalmának tudatában lekezeli és félelemben tartja a nem katona népességet. Napirenden vannak a kocolódások, veszekedések, verekedések, és nem hiányoznak a súlyos, akár halálos kimenetelű incidensek sem.

Ez a feszült hangulat kiterjedt a katonák és nemesek közötti kapcsolatra is, nem elszigetelt jelenség a köztük támadó viszályok tettlegességbe fajulása sem.

A kialakult kedvezőtlen légkörben Henter Ferencnek aktív párbeszédet kellett kezdeményeznie a határőri szervekkel a feszültségek tompítása érdekében, amelyben nagy szerep hárult az igazságszolgáltatás megfelelő működésére is. Szükség volt a békességre és nyugalomra, mert 1779-ben a bajor örökösödési háborúval elkezdődött a székely katonák idegen földre való kihurcolása, a háború azonban az összlakosságot érintette, mert az otthon maradó jobbágyság fuvarral, takarmánnyal és termény-hozzájárulással támogatta a hadba szállók népes táborát.

Ami az igazságszolgáltatást illeti, katonai részről gyanakvással fogadták a Folytonos Tábla őket is érintő ítéleteit, és noha a bíráskodás minden igyekezetével azon volt, hogy a katonákat érintő perek a lehető leghamarabb megoldódjanak, a türelmetlenség és bizalmatlanság jellemzi a határőrségnek a polgári igazságszolgáltatáshoz való viszonyulását. 1768-ban a Folytonos Tábla a kézdivásárhelyi II. határőr gyalogezred parancsnokságának barátságtalan, számon kérő folyamodására reagálva megemlíti, hogy a Tábla hites kötelességének mindenkor megpróbált megfelelni: ,,a katonai rend közül arról panaszkodtak volna, hogy ügyeik és bajaik annak rendiben fel nem vétetődtetvén el mellőztetett, vagy hátra tétetődött volna. Az is tudva vagyon, hogy eleitől fogva ezen helységben száma nélkül való sok perek voltanak és máig is vannak, melyeket mint egy napon, héten, holnapon, egyszer s mind elfolytatni teljesen lehetetlen, különös tekintettel pedig kívánta a katona rendnek pereit, akik provincialistákat perelnek elévenni, akiket ellenben a provincialisták törvénybe hivatnak és királyi szolgálat által akadályoztatásuk jelentetett, halasztani sokszor a provincialisták kárukra történik, ezen cselekedete a Táblának a katona részről nemhogy panaszt, sőt hálaadást érdemelne, mely útjának követésében teljes igyekezete szerint továbbra is kívánván kötelességét teljesíteni."

Henter Ferenc főkirálybíró kapcsolata a katonasággal a későbbiek folyamán sem javult. Ellenszenvét csak fokozta egyéni sérelme. Meggyőződése szerint katonák okozták az őt ért kellemetlenséget. 1776-ban történt, hogy újonnan épített üvegcsűrét uzoni és lisznyói emberek megkárosították. A kivizsgálás alkalmával az volt a kérdés, hogy a katonaság részese ennek az eseménynek, vagy sem. Kiss ezredes, a gyalogság parancsnoka ez alkalommal is azt bizonygatta, hogy legfontosabb feladatának a jó viszony ápolását tekinti. ,,Én nekem mivel elejitől fogva legfőbb igyekezetem arra volt függesztve, hogy a provinciális és militáris státus között a felsőbbségek rendelése szerint megkívántató egyezség az őfelsége szolgálatának jobbmóddal leendő előmozdítására mindenekben fenntartassék. A communitásoknak terenumuk iránt fennforgó dolgaiban magam nem elegyítettem, úgyszintén az említett üvegcsűrnek elmozdítására is részemről alkalmatosságot nem szolgáltattam, s annyival is inkább parancsolatot nem adtam. Nem tudom a főkirálybírónak mi adhatott volna alkalmatosságot azon kérdésnek feltételére."

A székely határőrség megalakításának a nagy vesztesei azonban mindenképpen a jobbágyok voltak. Többféle, a katonasággal összefüggő tehertételre kényszerítették őket, és ezenkívül természetesen jobbágytartóikkal szembeni függőségükből következően részükre is szolgáltatásokkal tartoztak, nem beszélve az államnak fizetett adóterhekről. Háromszéken a terményadó, a dézsma nem volt szokásban. Legfőbb kötelezettségük az ingyenmunka, a robot, vagy ahogy akkor nevezték, a hétszám volt. Általánosan érvényes szabály nem létezett, hanem mindenki földesurával kötött egyezség szerint dolgozott. A gyalogszeresek négy napot, az igavonóval rendelkezők pedig két napot teljesítettek hetenként. Ehhez még a nők részéről a szövés-fonás társult.

1775-ben a kézdiszéki jobbágyok panasszal fordulnak az uralkodóhoz jobbágyi szolgáltatásaik túlzásba vitele miatt. Sérelmesnek tartják, hogy a földesurak a robot idejére élelmet vagy nem adnak, vagy csak nagyon keveset, ha elmarad valamennyi a hétszámból, veréssel vagy zárkával fé­lemlítik őket. Az asszonyokat kendernyűvésre, -törésre, veteménygyomlálásra, kapálásra, ásásra, káposztaültetésre és egyéb munkákra használják anélkül, hogy ezt a robotba beleszámítanák. A felcseperedő gyerekeket a nemesi udvarokban szolgákként alkalmazzák, ezért nincs esélyük a tanulásra, magasabb iskolák elvégzésére. Időnként egy-két hétig terjedően saját költségükön fuvarozni küldik őket, ha marháikban kárt vallanak, nem kárpótolják őket. A sokféle szolgáltatás ellenére igen kevés saját használatú földdel rendelkeznek. Hasonló szellemű panaszokkal fordulnak a főkirálybíróhoz és a központi hatóságokhoz a miklósvárszéki és sepsiszéki jobbágyok is, ami azt jelzi, hogy általános elégedetlenség uralkodik a parasztok körében, amikor pedig úgy látják, hogy sorsukon senki sem akar javítani, különféleképpen tiltakoznak, helyzetük jobbra fordulását remélve. 1779-ben az oroszfalusi Fekete József jobbágyai a számukra fonásra kiosztott gyapjút az utcára dobálták. 1784-ben Alsócsernátonban Bernád György jobbágyai ,,midön az eddigi uzus szerint lévő szolgálatnak teljesitésére hivogattam volna, azt felelték, hogy semmiképpen az eddigi uzus szerint nem szolgálnak, kénytelen voltam pro asistentiahoz folyamodni a Tekintetes Táblához".

Henter Ferenc olyan időszakban vezette a szék ügyeit, amikor a katonai hatalom beépülése az önkormányzatisághoz szokott háromszéki társadalomban éppen hogy elkezdődött, a székely katonák egy részét első alkalommal messze földre vezénylik birodalmi érdekek érvényesítéséért, a feudális alávetettségben élő civil lakosság sanyarú sorsát pedig egyre nehezebben viseli. Annak ellenére, hogy a katonai hatósággal Henter Ferencnek nem volt felhőtlen a kapcsolata, felettesei meg lehettek elégedve munkásságával. Bizonyság erre az is, hogy az 1770-es években királyi kitüntetésben részesítik: őfelsége aranykulcsos kamarása címmel jutalmazzák császárhű magatartását.