A gyülekezést Uzonban határozták meg. Az állatok takarmánya, a marhahús és a kenyér előteremtése a civil igazgatásra tartozott. Augusztusban újabb kimenetelre kötelezik a székely határőr katonákat. A csíkszeredai I. és a kézdivásárhelyi II. gyalogezredből szervezett zászlóalj 638 katonája Maksán gyülekezett. Az 1805-ös nehéz katonai év és a sorozatos kudarcok a katonai vezetést arra késztetik, hogy a helyi valóság figyelembevétele nélkül az össztartalékokat mozgósítsák, és vezényeljék ki a harcterekre. Daniel Lajos brigadéros generális úti célként a rezerva zászlóalj és lovasszázad számára Szeben érintésével Budát jelölte meg.

A roppant kimerítő 1805-ös hadi évet egy csendesebb, katonai eseményekben szűkölködő esztendő követte. Bánffy György kormányzó ezért 1806. február 4-i leiratában a szék vezetését megnyugtatja, hogy a kedvezőbb hadi helyzetnek köszönhetően a székely haderő egy részét hazavezénylik. 1807-ben azonban a brassói és szebeni helyőrségek védelmére ismét kisebb létszámú csapatokat rendelnek ki. Az időközben Oroszország és Törökország között kitört háborúskodás, melynek helyszíne a szomszédos Moldva és Havasalföld, óvatossági intézkedésekre késztették Ausztriát. A Kárpát-kanyarban az Ojtozi-, Osánci-, Tömösi-, Bodzai- és Törcsvári-szoros megerősítésével és az átjárás megszüntetésével a keleti határokat egy esetleges idegen betöréstől próbálták megóvni. Ez az intézkedés az éppen otthon tartózkodó határőr katonákat érintette, akiknek száma fokozatosan csökkent, mert 1808-ban a szebeni helyőrség megerősítésére újabb két századból álló zászlóaljat küldenek Háromszékről.

1809-ben kiújulnak a hadműveletek, amelyek immár Magyarország területére is átterjedtek. A francia csapatok elfoglalták Győrt, elesett Pozsony is, a hadiállapot súlyosságára való tekintettel 1809-ben újabb egységeket vezényelnek a frontra. 1809. március közepén indítják el az első csapatokat, majd június végén négy századból kialakított zászlóalj hagyja el állomáshelyét. Augusztus derekán a már Marosvásárhelyen tartózkodó zászlóaljat vezénylik tovább Budára. 1809. október 19-én a főhadikormány parancsából egy gyalogszázadot két tiszttel Nagyenyedre irányítanak.

A katonák erőn felüli igénybevétele a hadsereg soraiban ellenséges hangulat kialakulásához vezetett, melynek következtében az egész háború során a katonaszökevények száma megnövekszik, a háborúellenes propaganda pedig a katonák harci szellemét bomlasztotta, és rossz hatással volt a harci cselekmények hatékonyságára is.

A nemesi társadalom sem maradhatott érzéketlen a háború támogatását illetően. 1805-ben a magyar rendek félretették sérelmeiket, és készek voltak a legnagyobb erőfeszítésekre is. Nemcsak katonát szavaztak meg, hanem fegyverbe szólították a nemesi felkelést is. A magyar nemesi felkelésnek azonban már nem akadt dolga, miután Austerlitznél a franciák megsemmisítették az egyesült osztrák—orosz sereget. 1805 nyarán gróf Mikes Zsigmond székgyűlés keretében a nemesség feladatait körvonalazta: ,,a nemes szék belső bátorságára ügyeljenek, igen jónak és illendőnek látván, hogy minden nemes atyafiak a legrövidebb időn szolgálat tehető lóról és szükséges fegyverről gondoskodjanak, hogy akár fejedelmünknek legyen szüksége szolgálatunkra, akár az rendtartása ezen széknek kívánja, a felkelésünkre az egész nemesség az első megszólításra egybe jöhessen". A nemesi felkelés parancsnokának gróf Mikó Györgyöt választották meg. 1805. június 23-án Étfalván gyűltek össze Háromszék nemes ifjai, ahol a csapatalakítással, a gyakorlatozással és a vezetéssel összefüggő kérdésekről tárgyaltak. A kezdeti euforikus hangulatot idézi többek között Bene László nemes ifjú belépési nyilatkozata is: ,,nagy érzékenység fogott engem el, midőn hallom, hogy nemes véreim s barátaim önként ajánlják magukat a mi császárunknak és királyunknak, s annál is inkább hazánk oltalmára seregleni és insurgalni fognak, én is mint egy nemes hazafi akinek hivatala ugyan instálani gróf uramat az insurectiohoz engemet is a többi alkalmas tiszt urak közé legalább kapitánynak számlálni, az eleim is még a régi világban kapitányok voltak, s a famíliám nem utolsó família". Közben az alakuló sereg katonai felkészítése is elkezdődött. 1805. július 9-én például háromnapi fegyvergyakorlatra gyűlt össze Nagyborosnyón a nemesi különítmény. 1806 májusában a Gubernium arról értesíti a főkirálybírót, hogy a békesség helyreállásával együtt a katonák is hazaérkeztek, s így a nemesség szolgálataira egyelőre nincs szükség.

A háború kiújulásával, 1808-ban az országgyűlés felhatalmazta a királyt a nemesi felkelés bármikori összehívására. 1809-ben a harcok ismét Magyarországot érintették, és a magyar nemesi felkelést újból harcba hívták. Június 14-én a győri csatában a franciák azonban szétszórták a vitézül verekedő, de rosszul vezetett és korszerűtlenül felszerelt nemesi csapatot. A háromszéki nemesi sereg egy lovas- és egy gyalogosszázadból állt. A vagyoni helyzet határozta meg a besorolást. Minden nemesi család köteles volt férfitagjait hadba küldeni, felmentést csak olyan esetben adtak, amikor az illető család- és birtokfenntartó, vagy fizikai állapota miatt alkalmatlan volt erre, ebben az esetben viszont önmaga helyett zsoldos katonát kellett fogadnia, akinek a felszerelését és zsoldját is magára vállalta. 1809-ben pünkösd napján Alsócsernátonban tartották azt a székgyűlést, ahol a nemesi felkeléssel kapcsolatos kérdésekről határoztak. Mindezek megoldására állandó bizottságot (permanens deputatio) hoztak létre, mely nemcsak a felszereléssel, fegyverzettel, de a hadgyakorlatok megszervezésével, a sokféle panasz kivizsgálásával és orvoslásával is foglalkozott. A gyűlés után hadiszemlét tartottak a nemesi sereg felett, Sepsi-, Miklósvár-, Orbai-, majd Kézdiszékben megvizsgálták a hadi készültséget, a csapatok szervezettségét, fegyelmét, és a létszámnak megfelelő arányú ,,tökéletes és értelmes tiszteket választanának, ezeknek egyfelől a haza törvényeiben és hadi dolgokban is ismeretségük lenne". Így maradt továbbra is a nemesi felkelés élén gróf Mikó György huszár őrnagy, Thuri Ferenc és gróf Mikó Miklós kapitányok, a gyalogság parancsnokának pedig Csoma István kapitányt, helyettesének Székely Ferenc főhadnagyot választották. Az előnytelen harci helyzet magával hozta a nemesi sereg Erdélyen kívüli harci bevetésének elkerülhetetlenségét. A szék vezetését aggodalommal töltötte el az a kényszerhelyzet, hogy a két határőr- ezred majdnem teljes állományának harcterekre rendelésével veszélybe került a határvédelmi feladatok normális ellátása, amikor a román fejedelemségek területe hadszíntérré vált. Ilyen körülmények között pedig a két román ország irányából érkező menekültek feltartóztatása megoldhatatlan feladatnak tűnt. Félelemmel gondolnak a pestis és más ragályos betegségek behurcolásának megakadályozhatatlanságára is. A nyugtalanságot csak fokozta, hogy gonosztevő bandák garázdálkodtak a határ mentén, a Tatárhalma nevű helyen meg is támadták a kevés számú helyőrséget, bántalmazták őket, fegyverüket elvették. Mindezek után, ha a nemesi csapatokat is kivezényelnék a harctérre, a közbiztonságot hoznák kényszerű helyzetbe — fogalmazta meg álláspontját a szék vezetése. A tervbe vett kirukkolás előtt a fegyvergyakorlást és a harci készülődést tekintették a nemesi sereg fő feladatának. Minden héten egy napot szenteltek a felkészülésre a négy szék központi részén kijelölt gyakorlóhelyen. A kimasírozás, a megmérettetés ideje közeledett, annál is inkább, hogy az Erdélyi Főhaditanács és a Gubernium megállapodott abban: Háromszékről mind a két nemesi század bevetésre kerül. A harctérre indulás idejét 1809. május 29—30-ra tették.

A háromszéki nemesi felkelés megszervezésének, felkészítésének sikerességével a központi hatóságok nem voltak megelégedve. A főkormányszék ezzel kapcsolatos véleményét 1810. január 18-án tette közzé: ,,kegyelmetek kötelességüknek eleget nem tévén az insurectio dolgát nem egész szorgalmatossággal folytatják". Az ezernyi gond és baj, na meg személyének előnytelen megítélése, amelyben saját felelőssége is közrejátszott, arra az elhatározásra késztette gróf Mikes Zsigmond főkirálybírót 1810-ben, hogy hivatalából való eltávozási szándékát nyilvánosságra hozza. Miután lemondását elfogadták, levéllel búcsúzott beosztottjaitól: ,,tekintetes tiszti hivatal, felséges fejedelmünk, engem nemes Háromszék főkirálybíróságából nyugalomra bocsájtani méltóztatott. Édes kötelességemnek felelek akkor meg midőn az egész nemes tiszti hivatalnak fejenként megköszönöm fáradhatatlan szorgalmatosságát, melyet hat esztendő alatt a király, haza, nemzet boldogulásáért csekély kormányzásom alatt munkálkodtak. Megeshetett hibáimról engedelmet kérek, és noha szánszándékkal egyiket is meg nem bántottam, ha ugyancsak valamelyik megbántódott az urak közül, ezen közönséges levelemmel kérem engedelmét. Áldja meg a mindenható a nemes széket tisztjeivel együtt, minden lelki, testi áldásaival együtt tegye boldogokká és adjon helyembe királyhoz, hazához, nemzethez egyenlőképpen igazságos, hű, bátor, fáradhatatlan főtisztet. Utolsó kérésem, hogy ezen idezárt búcsúzó levelem a közelebb tartandó gyrás széken felolvastatni az akkori elől ülő úr ne terheltessék, engemet pedig a nemes tisztség tapasztalt szeretetében ezután is megtartani ne terheltessék. Örökös elkötelezett szolgája, gróf Mikes Zsigmond." A Gubernium elfogadta távozási hajlandóságát, és az új főkirálybíró megválasztásáig a közigazgatás vezetését a hivatalára nézve koridős királybíróra bízták. Ez a személy a szentkatolnai lakhelyű Demién István volt, aki Kézdiszék alkirálybírói posztját töltötte be. A tárgyalt időszak történetében ez volt a leghosszabb ideig tartó átmeneti állapot, amikor a törvényhatóság irányítását megbízott személy látta el. Gróf Mikes Zsigmond búcsúlevelét 1810. január 12-én írta, ekkortól számítható Demién István hivatalba lépése, mely megbízatás 1813 kora őszén ért véget Cserei Miklós adminisztrátori kinevezésével. A szokatlan helyzet, a hosszúra nyúló ideiglenesség a vezető megnevezését illetően is látható zavart okozott. A neki küldött levelek megszólításai is ezt a bizonytalanságot tükrözik: Demién István Kézdiszék érdemes vicekirálybírójának úgy nemes Háromszék és Miklósvárszék mostani substitus főkirálybírójának; más alkalommal Háromszék főadminisztrátorának, megint máskor a háromszéki tiszti hivatal elölülőjének vagy Háromszék interimáris adminisztrátorának titulálják.