Ezeken elszaporodva, számukra szükséges tápanyagokat vonnak el, közben az állati és emberi szervezetre káros másodlagos anyagcseretermékeket választanak ki, ezek az ún. mikotoxinok. Ezek hatását rég felismerték, például a XVII. században már leírták a penészes rozskenyér hallucinogén hatását. Jelenleg úgy tartják, hogy világszinten az évente termelt gabonaféleségek 25 százaléka a ma ismeretes penészfajtákkal fertőzött, de meglehet, hogy ez az arány jóval magasabb az eddig ismeretlen toxinok miatt. Ma már több mint ezer toxikus anyagcsereterméket ismerünk, ezek közül majdnem száz káros hatását bizonyították. A penészgombák közül a nagyobb nedvességtartalmat igénylők már a szántóföldön szennyezik a növényeket (szántóföldi penészgombák), míg a viszonylag szárazságtűrők a raktározás közben termelnek toxinokat (raktári penészgombák). Az előbbiek csoportjába tartoznak a Fuzarium fajok, a raktári penészgombák főbb képviselői az Aspergillus és a Penicillium fajok. A penészgombák jelentős gazdasági és egészségügyi problémát jelentenek a növénytermesztés és az állattenyésztés számára egyaránt. A növénytermesztésben a termés csökkenése, a vetőmag minőségi romlása és a sütőipari minőség csökkenése okoz gazdasági veszteséget. A veszteség mértékét az adott hibrid (búza, kukorica) érzékenysége, az időjárási tényezők és az agrotechnikai eljárások befolyásolhatják. A gomba növényi tápláló anyagokat használ fel, ennek következtében csökken a takarmány energiatartalma és a fontosabb aminosavak tartalma. Az állatokkal etetve a penészes takarmányt, megállapítható a takarmányfogyasztás mennyiségi csökkenése, romlik a takarmányértékesülés mértéke, a fiatal állatok normálison aluli fejlődése, megjelennek a szaporodásbiológiai zavarok, az állat a fertőzésekkel szemben csökkent ellenálló képességet mutat, a nagyobb mennyiségek fogyasztásánál a jellegzetes mikotoxikózisok (betegségek) alakulnak ki. A gombatoxinok által előidézett mikotoxikózisok nem fertőzőek, tehát nincs sajátos kórokozó, és a szennyezett takarmány megvonásával a tünetek eltűnnek. Ugyanakkor a feltételezett betegséget, a mikotoxinokat a takarmányvizsgálati laboreredmények is megerősíthetik. A mikotoxikózisok felismerését megnehezíti az a tény, hogy általában a tünetek az alacsonyabb toxinkoncentrációk miatt nem kifejezettek, nem kórjelzőek, és gyakran több toxin egyidejűleg fejti ki káros hatását. A szántóföldi penészgombák közül a Fuzarium nemzetségbe tartozók a legelterjedtebbek tájainkon. A monokultúrás (gabona egymás után több éven keresztül) termesztés nagyfokú alkalmazásával a fertőzöttség az utóbbi években jelentősen nőtt, mert a szántóföldön visszahagyott szárrészek fertőzésforrást és jó táptalajt jelentenek szaporodásukhoz. A fuzariumtoxinok legelterjedtebb csoportjai a trichotecén-vázas toxinok, a zearaleanon és a fumonizinek. A trichotecén-vázas toxinok káros biológiai hatásokat váltanak ki: hányás és takarmány-visszautasítás, csökkenő fehérje-előállítás, károsodik az idegrendszer és az immunrendszer, szaporodásbiológiai zavarok jelennek meg. A sertés- és baromfitartásban jelentős gazdasági veszteséget okozhatnak, mert hatásukra csökken a takarmányfogyasztás, romlik a hús- és tojástermelés hatékonysága. Kocáknál megszűnik az ivarzás és az ovuláció, a tojóknál csökken a termelés, és romlik a tojás kelthetősége. A szarvasmarha erre a toxinra kevésbé érzékeny, mivel a bendőben zajló fermentáció következtében a toxinok jelentős része átalakul, a biológiai hatásuk csökken. Ez esetben leginkább a tejtermelés csökkenése következik be. A fiatal borjak viszont érzékenyebbek a mérgező hatással szemben, mivel még nem rendelkeznek stabil bendőflórával. A juhok érzékenysége a bendő gyengébb méregtelenítő képessége miatt szintén nagyobb. A zearalenonra szinte mindenik állatfaj érzékeny, és szaporodási rendellenességeket okoz. Sertésnél romlik a kocák vemhesülési aránya, megnő a visszaivarzó egyedek száma, esetleg meddőség is kialakulhat. Ugyanakkor megnő a halva született malacok száma, kisebb az alomszám, a malacok gyengék, rajtuk a csecsbimbók duzzanata figyelhető meg. A fumonozineket viszonylag újonnan, 1988-ban fedezték fel. Állatfajtánként eltérő károsodást idéznek elő. A sertéseknél akkor kezdtek nagyobb jelentőséget tulajdonítani neki, amikor az Egyesült Államokban 1988-ban fellépett a sertések tömeges megbetegedése. Minden esetben a betegség a penészes kukorica etetésére volt visszavezethető, amely tüdővizenyő, mellvízkór kialakulásával járt. Végül sikerült megtalálni a betegség okozóját és a toxinját. Kisebb koncentrációjú fertőzéses kukorica etetésekor viszont máj- és vesekárosodást mutattak ki. A toxin hatása nemcsak a felvett toxin mennyiségétől, hanem a takarmányozás időtartamától is függ, a kóros elváltozások arányosan nőve. A kutatók megállapították, hogy a penésszel fertőzött kukorica etetése már a méhen belül károsítja a magzatot, májelváltozást és tüdővizenyőt okoz. A lovak kifejezetten érzékenyek a fumonizinekkel szemben, a toxin mennyiségétől függően akár agylágyulás is kialakulhat, ami néhány órán belül az állat elhullásához vezethet. A kérődző állatok és a baromfifajok viszonylag ellenállóak.

A raktári penészgombák közé az Aspergillus és a Fuzarium fajok tartoznak. Közülük számos faj ochratoxint termel. A sertésnél, akárcsak az embernél, veseelfajulást okoz. A baromfifajok is nagyon érzékenyek, csökkenti a súlygyarapodást, csökken a tojástermelés, romlik a kelthetőség. A kérődzők ellenállók e toxinnal szemben. A patulin a penészes gyümölcsökből mutatható ki. A toxin elsősorban az emésztőszerveket károsítja, vérzést, fekélyt idézhet elő. Rákkeltő, és a fejlődő magzatot is károsítja. A gombatoxinok nemcsak az állatok, hanem az ember egészségére is veszélyt jelentenek. Az ember szervezetébe bejuthatnak közvetlenül, vagyis toxintartalmú gabonaféleségek (csemegekukorica, kukoricadara és liszt, müzli stb.), más növényi eredetű táplálék (penészes gyümölcs) vagy kávé, sör fogyasztása következtében. Közvetetten az állatok által elfogyasztott toxinok megjelenhetnek az állati termékekben is (hús, máj, tej, tojás), és veszélyt jelenthetnek az ember számára. Az emberek mikotoxikózisáról még ma keveset lehet tudni, de az állatoknál előidézett elváltozásokat, megbetegedéseket, zavarokat a kutatók az embernél is kimutatták.